R：heatmap.2更改颜色键

Question

我对包gplots有疑问。我想使用的功能heatmap.2，所以我想我的色键对称点从0更改为1。通常，当symkey=TRUE并使用col=redgreen()，一个彩条被创建，其中的颜色都是这样管理：

red = -2 to -0.5 
black=-0.5 to 0.5 
green= 0.5 to 2 

现在我想创建这样一个彩条：

red= -1 to 0.8 
black= 0.8 to 1.2 
green= 1.2 to 3 

是这样的可能吗？

谢谢！

Answer 1

如果你看看the heatmap.2 help file，它看起来像你想breaks参数。从帮助文件：

breaks（可选）要么使用指示用于合并x转换成颜色，或在断裂点的整数分割点的数值向量，在这种情况下，断点将被等间隔在最小（x）和最大（x）之间

因此，您使用breaks指定每种颜色的截止点。例如：

library(gplots) 

# make up a bunch of random data from -1, -.9, -.8, ..., 2.9, 3 
# 10x10 
x = matrix(sample(seq(-1,3,by=.1),100,replace=TRUE),ncol=10) 

# plot. We want -1 to 0.8 being red, 0.8 to 1.2 being black, 1.2 to 3 being green. 
heatmap.2(x, col=redgreen, breaks=c(-1,0.8,1.2,3)) 

关键是breaks=c(-1,0.8,1.2,3)是你的临界值。