为什么我在Primer3/eprimer3 Mac OSX版本中出现这个错误？

Question

我在我的mac osx版本中出现这个错误。

引物3/eprimer3问题：

Error: thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified 

来源：

http://www.mcardle.wisc.edu/mprime/help/primer3/primer3_manual.htm#globalTags

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH (string; default ./primer3_config) 

这个标签指定的路径包含了所有由热力学方法使用的参数文件的目录。在Linux中，如果未定义此标记，则会有两个默认位置进行测试：./primer3_config/和/opt/primer3_config/。对于Windows，只有一个默认位置：.\primer3_config\。

我把primer3_config放在bin的PATH中，仍然无法解决这个问题。我甚至：

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src 

和

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src/primer3_config 

无济于事。

Answer 1

按照引物3手册：

1.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1 

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH必须指向正确的位置。 此标记指定包含热力学方法使用的所有参数文件的目录的路径。在Linux中， 是两个默认位置，如果此标记不是 定义：./primer3_config/和/ opt/primer3_config /，则测试位置。对于Windows， 只有一个默认位置：。\ primer3_config。如果 参数文件不在这些位置中，请务必设置 PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH。

所以，如果你下载并使用Make命令编译引物3形式的来源，让引物3在全球范围内运行，你需要将executueable，primer3_core，复制到你的路径，并把配置目录，primer3_config在同一目录或at /opt/primer3_config

cd src 
sudo cp primer3_core /usr/local/bin # or /usr/bin 
sudo cp -r primer3_config /opt/ 

Answer 2

我有同样的问题。我已经使用自制科学安装了Primer 3，这非常无痛。 https://github.com/Homebrew/homebrew-science

我曾尝试复制primer3_config目录到自制引物3目录，即：

/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config但是这也没有工作。

最后，我添加了PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH配置到引物3输入文件，并且这工作。请注意，目录名称必须有一个结尾斜杠。它是以下文件中的最后一个条目，它从primer3源文件中的示例文件复制而来。

SEQUENCE_ID=example 
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG 
SEQUENCE_TARGET=37,21 
PRIMER_TASK=pick_detection_primers 
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1 
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1 
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1 
PRIMER_OPT_SIZE=18 
PRIMER_MIN_SIZE=15 
PRIMER_MAX_SIZE=21 
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1 
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100 
P3_FILE_FLAG=1 
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21 
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1 
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config/ 
= 

然后，像这样运行它：

$ primer3_core < example2