如何使用固定位置控制igraph绘图布局？

我想绘制一个网络可视化，以类似于流程图。我相当接近用下面的代码，但我有几个问题：如何使用固定位置控制igraph绘图布局？

这是最好的布局（）算法，或我可以手动分配>
我怎样才能使每个节点的位置确定这些节点在剧情中不重叠（就像他们在这里做的那样）？
我可以将一个节点分配为“锚点”还是起点？即，我可以让“C”成为最顶层还是最左边的节点？

非常感谢！

library("igraph") 
L3 <- LETTERS[1:8] 
d <- data.frame(start = sample(L3, 16, replace = T), end = sample(L3, 16, replace = T), 
       weight = c(20,40,20,30,50,60,20,30,20,40,20,30,50,60,20,30)) 


g <- graph.data.frame(d, directed = T) 

V(g)$name 
E(g)$weight 

ideg <- degree(g, mode = "in", loops = F) 

col=rainbow(12) # For edge colors 

plot.igraph(g, 
    vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20", 
    vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30, 
    vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20", 
    vertex.shape = "rectangle", 
    edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight/10, 
    edge.curved = T, 
    layout = layout.reingold.tilford)

来源

2011-03-19 david h

igraph中的布局定义在矩阵中，每个节点有2列和1行。第一列指示其x位置，第二列指示其y位置，并且比例不相关（它总是重新调整以适合-1到1的绘图区域。您可以在绘图之前通过调用图形上的布局函数来获得此布局：

l <-layout.reingold.tilford(g) 
l 
    [,1] [,2] 
[1,] 0 0 
[2,] -1 3 
[3,] 0 1 
[4,] 0 3 
[5,] 0 2 
[6,] 0 4 
[7,] 1 3

这样你可以改变它在手动想要的任何方式，然后将其发送到剧情：

plot.igraph(g, 
    vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20", 
    vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30, 
    vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20", 
    vertex.shape = "rectangle", 
    edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight/10, 
    edge.curved = T, 
    layout = l)

这似乎也可以设置参数params控制布局abit。这是一个包含参数root的列表，显然它可以用来设置图形的根。该节点（reigramber igraph使用类似C的节点索引，第一个是0）。因此，设置在根“C”：

l <- layout.reingold.tilford(g,params=list(root=2))

编辑：另外的RGraphViz中有一些不错的树的布局，可能是值得一试。

编辑2：

这是从我的包，它采用的是同一种布局矩阵的图形，以确定节点的位置，你可能会发现有用的源代码的修改的摘录：

gridLayout <- function(x) 
{ 
    LmatX <- seq(-1,1,length=ncol(x)) 
    LmatY <- seq(1,-1,length=nrow(x)) 

    loc <- t(sapply(1:max(x),function(y)which(x==y,arr.ind=T))) 
    layout <- cbind(LmatX[loc[,2]],LmatY[loc[,1]]) 
    return(layout) 
}

什么这个函数是变换矩阵指定在一个网格（类似于layout()）布局的两列布局与x和y位置。定义一个零矩阵，并为每个节点的整数从1到节点总数（这是igraph ID + 1）。

例如，对于一个愚蠢的4节点图：

grid <- matrix(c(
    0,0,1,0,0, 
    2,0,3,0,4),nrow=2,byrow=TRUE) 

library("igraph") 

g <- graph.adjacency(matrix(1,4,4)) 

plot(g,layout=gridLayout(L))

来源

2011-03-19 19:29:24

感谢您的提示！像这样把位置放在一起：l2 < - as.matrix（data.frame（c（0,6,12,12,12,24,24,24），c（0，.5，.5 ，0，-1,1，-1，。25））） – 2011-03-20 04:51:13

2年后，这个答案对我有帮助:-) – 2013-06-30 14:26:00

Sacha，当我应用你的代码时，我得到ncol（x）中的错误：找不到对象'L'。在plot（g，layout = gridLayout（L））这一行中，可能有一个我无法理解的问题。 – 2016-10-26 13:42:50

，如果你要分配的节点位置自己是增加与您的数据表标记为X和Y列一个不太复杂的方法比上面这些列中各个节点的x和y坐标。例如

library('igraph') 
nodes <- c('a','b','c','d') 
x <- c(0,1,2,3) 
y <- c(0,1,2,3) 
from <- c('a','b','c') 
to <- c('b','c','d') 
NodeList <- data.frame(nodes, x ,y) 
EdgeList <- data.frame(from, to) 
a<- graph_from_data_frame(vertices = NodeList, d= EdgeList, directed = FALSE) 
plot(a)

来源

2017-01-24 11:28:29

如何使用固定位置控制igraph绘图布局？

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