我一直努力使自己的软件包成为可能。我按照上面的问题在how to develop package for layman的计算器上按照指令操作。以下是我在上一个问题之后工具的步骤。新鲜R对话在Windows/Linux中为Mac创建软件包
运行R代码里面
# random DNA function randDNA = function(n){ paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "") } # DNA to RNA function dna2rna <- function(inputStr) { if (!is.character(inputStr)) stop("need character input") is = toupper(inputStr) chartr("T", "U", is) } # complementary sequence function compSeq <- function(inputStr){ chartr("ACTG", "TGAC", inputStr) } # example data dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT") dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT") myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2) save(myseqdata, file = "myseqdata.RData")
Pefrom R中的以下任务
require(utils) package.skeleton(list = c("randDNA","dna2rna", "compSeq", "myseqdata"), name = "dnatool",environment = .GlobalEnv, path = "c:", force = FALSE)
编辑系统环境可变路径在命令行窗口7
C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin; C:\Program Files\R\R-2.14.2\bin\x64;
(类型
>path
以下来检查路径被适当地设定。复制步骤的文件夹dnatool(3),并把在名为rpackage新的文件夹,现在将目录更改到该文件夹(在DOS)
c: \ repackage> R CMD build dnatool c: \ repackage> Rcmd build dnatool
编辑:我有时让dnatool.zip但其他时间dnatool.tar.gx
在命令行检查包(DOS)
c: \ repackage> R CMD check dnatool
我能够在Windows中将它打包为“dnatool.zip”。
如何编译为MAC或unix源代码?哪些步骤不同?
Unix source: dnatool.tar.gz
Mac OS X binary: dnatool.tgz
我需要Mac电脑做的。我有Linux的virtualbox和安装Ubuntu的呢?
编辑:
我应该使用以下commad摆脱步骤(3)文件夹dnatool sourcode二进制?
$ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool
谢谢,你的意思是“dnatool.zip”可以用在unix环境中吗? – jon 2012-04-21 13:13:10
“请注意,如果您将包装上传到CRAN,则所有包装都将为您完成。”什么应该加载到CRAN?对于简单的问题抱歉 – jon 2012-04-21 13:14:56
压缩文件是一个Windows二进制文件,只需创建一个源码分发(tar.gz),并且在Windows,Mac或Linux下应该没问题。请注意,在这种情况下,用户需要安装构建工具。但是,在Linux下,通常情况下,在Mac和Windows下安装它们非常容易。一旦你的软件包在CRAN上(如果你计划的话),所有这些问题都会消失,用户可以使用'install.packages'来安装它。 – 2012-04-21 13:16:06