比较RDD对象-Apache Spark

我是相当新的apache spark技术，在尝试分析我从文件中提取的数据时遇到一些问题。比较RDD对象-Apache Spark

我有大量的基因信息，我把这些信息提交给RDD，迄今为止这么好。

JavaRDD<Gene> inputfile = sc.textFile(logFile).map(
     new Function<String, Gene>() { 
      @Override 
      public Gene call(String line) throws Exception { 
       String[] values = line.split("\t"); 
       Gene gen = null; 

       //We are only interested in genes; 
       if(values.length > 2 && values[2].equalsIgnoreCase("gene") && !line.contains("#")){ 
        String[] infoGene = values[8].split(";"); 

        String geneId = StringUtils.substringBetween(infoGene[0], "\""); 
        String geneType = StringUtils.substringBetween(infoGene[2], "\""); 
        String geneName = StringUtils.substringBetween(infoGene[4], "\""); 
        gen = new Gene(geneName,values[3],values[4]); 

        return gen; 
       } 
       return gen; 
      } 
     } 
    ).filter(new Function<Gene, Boolean>() { 
     @Override 
     public Boolean call(Gene gene) throws Exception { 
      if(gene == null) 
       return false; 
      else 
       return true; 
     } 
    });

基因类：

public class Gene implements Serializable{ 
String firstBp; 
String lastBp; 
String name; 

public Gene(String name, String firstBp, String lastBp) { 
    this.name = name; 
    this.firstBp = firstBp; 
    this.lastBp = lastBp; 
} 

public String getFirstBp() { 
    return firstBp; 
} 

public String getLastBp() { 
    return lastBp; 
} 

public String getName() { 
    return name; 
} 

public String toString(){ 
    return name + " " + firstBp + " " + lastBp; 
}}

问题从这里开始，我需要的，如果2个基因叠加分析，并为我做了这个简单的实用功能：

public static Boolean isOverlay(Gene gene1, Gene gene2){ 
    int gene1First = Integer.parseInt(gene1.getFirstBp()); 
    int gene1Last = Integer.parseInt(gene1.getLastBp()); 
    int gene2First = Integer.parseInt(gene2.getFirstBp()); 
    int gene2Last = Integer.parseInt(gene2.getLastBp()); 

    if(gene2First >= gene1First && gene2First <= gene1Last) // FirstBp - Gene2 inside 
     return true; 
    else if (gene2Last >= gene1First && gene2Last <= gene1Last) // LastBP - Gene2 inside 
     return true; 
    else if (gene1First >= gene2First && gene1First <= gene2Last) // FirstBp - Gene1 inside 
     return true; 
    else if (gene1Last >= gene2First && gene1Last <= gene2Last) // LastBP - Gene1 inside 
     return true; 
    else 
     return false; 
}

现在我在做什么，我认为是错误的是将RDD对象转变为列表：

List<Gene> genesList = inputfile.collect();

并遍历该列表以检查是否有重叠并将保存到文件的结果花费时间，因为我没有使用spark。

List<OverlayPair> overlayPairList= new ArrayList<OverlayPair>(); 
List<String> visitedGenes = new ArrayList<String>(); 

for (Gene gene1 : genesList){ 

     for (Gene gene2 : genesList) { 
      if (gene1.getName().equalsIgnoreCase(gene2.getName()) || visitedGenes.contains(gene2.getName())) { 
       continue; 
      } 

      if (isOverlay(gene1, gene2)) 
       overlayPairList.add(new OverlayPair(gene1.getName(), gene2.getName())); 

     } 
     visitedGenes.add(gene1.getName()); 
    } 

    JavaRDD<OverlayPair> overlayFile = sc.parallelize(overlayPairList); 

    //Export the results to the file 
    String outputDirectory = "/Users/joaoalmeida/Desktop/Dissertacao/sol/data/mitocondrias/feup-pp/project/data/output/overlays"; 
    overlayFile.coalesce(1).saveAsTextFile(outputDirectory);

Overlay对基本上是一个具有2个基因名称的对象。

有没有办法做这第二部分，同时利用火花？因为这些2的时间复杂性对于我目前拥有的数据量来说是很大的。

来源

2017-02-24 João de Almeida

是的，有，你必须使用RDD.cartesian函数来获得所有的对，然后你可以基本上应用你写的函数。

来源

2017-03-19 21:32:42 evgenii

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