从Linux上的R列表中错误地堆叠栅格

在创建栅格时间序列之前，我遇到了从列表中堆叠栅格的问题。当我使用示例数据直接在R环境中执行此操作时，它运行良好。在此之前的错误代码是：从Linux上的R列表中错误地堆叠栅格

FunR<-function(r){ 
    ext<-raster(extent(r),nrow=1100,ncol=1100) 
    crs(ext)<-crs(r) 
    D<-rasterize(r,ext,field="LFRP") 
    EC<-extent(-20, 60,0,30) 
    D2<-extend(D,EC) 
    D3<-crop(D2,extent(-18,20,2,30)) 
    s <- raster(nrow=600, ncol=1000,extent(-18,20,2,30)) 
    crs(s)<-crs(WA) 
    Ds <- resample(D3, s, method='bilinear') 
    crs(Ds)<-crs(WA) 
    Ds 
} 
###Create rasters and crop 
DL4<-sapply(DL3,FunR) 
DL5<-stack(DL4) #(error occurs after this line)

但是，一旦我把它作为一个脚本，在HPC我碰到下面的错误运行：

Error in x[[1]] : subscript out of bounds 
Calls: stack -> stack -> .local

我如何获得的骑这个，请吗？另外，我如何摆脱我的清单上完全是NA的文件？我怀疑这可能也是一个问题。这里是我的“的qsub”脚本：

#PBS -o fre8.txt 
#PBS -e fren8.txt 
#PBS -N FRP08_quarterly 
#PBS -q high_mem 
#PBS -l walltime=50:00:00 
#PBS -l nodes=1:ppn=4 
#PBS -l vmem=400gb 
#PBS -m bea 
#PBS -M [email protected] 
module load R/3.1.3 
cd /scratch/aroo1 
R --no-save -q -f FRPquarts.R

来源

2015-07-21 Joke O.

大家好。现在，我的脚本运行，但在几个小时后自动停止。如何让R在HPC上稳定？我现在有完整的代码，可以在Linux上完美运行，但在HPC上运行几个小时后会崩溃。 –

我发现，在HPC Linux环境使用栅格库通常会为输出误差，如果@中模块没有被明确载入了会议。举例来说，使用Linux集群我经常使用运行脚本之前加载@中的SLURM：负载GIS/@中-1.9.2

随着SLURM，我已经使用的“模块无济于事”，列出所有可用的模块已安装在集群中。我相信qsub有一个非常相似的命令。只要注意gdal模块路径/名称，并使用load或module load命令使其运行。现在，如果gdal不可用，您将不得不让管理员将其安装到集群，或者编写脚本来安装到您自己的主目录。

来源

2015-07-23 02:41:16

嗨卢卡斯，谢谢你的回复。我编辑了上面的代码以反映qsub代码。我该如何为gdal添加一行？ –

在Slurm中，我使用'模块可用'来列出集群中已安装的所有可用模块。我相信qsub有一个非常相似的命令。只要注意gdal模块路径/名称，并使用load或module load命令使其运行。现在，如果gdal不可用，您将不得不让管理员将其安装到集群，或者编写脚本来安装到您自己的主目录。 –

从Linux上的R列表中错误地堆叠栅格

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