如何从R中的矩阵创建边列表？

的关系被表示为矩阵x这样的：如何从R中的矩阵创建边列表？

 A B C  D 
A  0 2 1  1 
B  2 0 1  0 
C  1 1 0  1 
D  1 0 1  0

的条目指它们的连接的数量。任何人都可以告诉我如何写它作为边缘列表？谢谢！我正在考虑把它写为边缘名单，如：

A B 
A B 
A C 
A D 
B C

但是，这是新锐榜的权利，如果我想创建一个网络阴谋？谢谢！

来源

2012-11-02 user1787675

使用igraph包：

x <- matrix(c(0,2,1,1,2,0,1,0,1,1,0,1,1,0,1,0), 4, 4) 
rownames(x) <- colnames(x) <- LETTERS[1:4] 

library(igraph) 
g <- graph.adjacency(x) 
get.edgelist(g) 

#  [,1] [,2] 
# [1,] "A" "B" 
# [2,] "A" "B" 
# [3,] "A" "C" 
# [4,] "A" "D" 
# [5,] "B" "A" 
# [6,] "B" "A" 
# [7,] "B" "C" 
# [8,] "C" "A" 
# [9,] "C" "B" 
# [10,] "C" "D" 
# [11,] "D" "A" 
# [12,] "D" "C"

我也建议你花一些时间在http://igraph.sourceforge.net/index.html阅读igraph的文档，因为你的很多问题，最近都是简单的例子用法。

（作为奖励，plot(g)会回答您的其他问题How to plot relationships in R?）

来源

2012-11-02 23:10:33 flodel

非常感谢您的帮助！我正在阅读您现在推荐的文件。 – user1787675

尝试在reshape2使用melt这

M <- matrix(c(0,2,1,1,2,0,1,0,1,1,0,1,1,0,1,0), 4, 4, dimnames=list(c("A","B","C","D"), c("A","B","C","D"))) 

eList <- NULL 
for (i in 1:nrow(M)){ 
    for (j in 1:ncol(M)) { 
    eList <- c(eList, rep(paste(dimnames(M)[[1]][i], dimnames(M)[[2]][j]), M[i,j])) 
    } 
}

输出

> eList 
[1] "A B" "A B" "A C" "A D" "B A" "B A" "B C" "C A" "C B" "C D" "D A" "D C"

来源

2012-11-02 23:11:29 bnjmn

您的解决方案反之亦然？我的意思是，如果我们有一个边界列表，并希望通过你的方式将其转换为邻接矩阵？ – minoo

，然后删除重== 0。如果不需要打印重量。只是删除它。

x 
    sample1 sample2 sample3 sample4 
feature1  0  2  1  1 
feature2  2  0  1  0 
feature3  1  1  0  1 
feature4  1  0  1  0 

melt(x) 
    Var1 Var2 value 
1 feature1 sample1  0 
2 feature2 sample1  2 
3 feature3 sample1  1 
4 feature4 sample1  1 
5 feature1 sample2  2

来源

2014-07-01 00:58:34

如何从R中的矩阵创建边列表？

回答

相关问题