未定义引用自定义函数（C++和RcppParallel）

Question

我是C++编程的新手，尝试通过R来试验Rcpp。 我创建了一个函数来从字符串中产生所有可能的k-mers。它的工作原理以及在它的串行形式：

#include <Rcpp.h> 
#include <string> 
#include <iostream> 
#include <ctime> 
// using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
std::vector<std::string> cpp_kmer(std::string s, int k){ 
    std::vector<std::string> kmers; 
    int seq_loop_size = s.length() - k+1; 
    for (int z=0; z < seq_loop_size; z++) { 
    std::string kmer; 
    kmer = s.substr(z, k); 
    kmers.push_back(kmer) ; 
    } 
    return kmers; 
} 

然而，当我尝试在并行实现使用此功能（使用RcppParallel），用下面的代码：

#include <Rcpp.h> 
#include <string> 
#include <iostream> 
#include <ctime> 
using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]] 
#include <RcppParallel.h> 
using namespace RcppParallel; 

struct p_cpp_kmer : public Worker { 
    // input string 
    std::vector<std::string> seqs; 
    int k; 
    std::vector<std::string> cpp_kmer(std::string s, int k); 
    // destination list 
    List output; 
    std::string 
    sub_s; 
    // initialize with source and destination 
    p_cpp_kmer(std::vector<std::string> seqs, int k, List output) 
    : seqs(seqs), k(k), output(output) {} 

    // calculate k-mers for the range of sequences requested 
    void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) { 
    for (std::size_t i = begin; i < end; i++) 
     sub_s = seqs[i]; 
     cpp_kmer(sub_s, k); 
    } 
}; 

// [[Rcpp::export]] 
List par_cpp_kmer(std::vector<std::string> seqs, int k, bool v){ 
    // allocate output list 
    List outpar(num_seqs); 
    int num_seqs = seqs.size(); 
    // p_cpp_kmer functor (pass input and output matrixes) 
    p_cpp_kmer par_kmer(seqs, k, outpar); 
    parallelFor(0, num_seqs, par_kmer); 
    return wrap(outpar); 
} 

std::vector<std::string> cpp_kmer(std::string s, int k){ 
    std::vector<std::string> kmers; 
    int seq_loop_size = s.length() - k+1; 
    for (int z=0; z < seq_loop_size; z++) { 
    std::string kmer; 
    kmer = s.substr(z, k); 
    kmers.push_back(kmer) ; 
    } 
    return kmers; 
} 

它没有编译，给出：未定义的引用p_cpp_kmer :: cpp_kmer（std :: string，int）'错误。

我知道它与声明/引用cpp_kmer有关，但我无法找到适当的地方/如何做（因为我缺乏C++知识）。

非常感谢您提前。

Answer 1

会发生什么事是你p_cpp_kmer结构声明了cpp_kmer方法，但它永远不会定义。相反，后面定义的是免费功能cpp_kmer。

将此方法声明

std::vector<std::string> cpp_kmer(std::string s, int k); 

你似乎想用它：

void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) { 
    for (std::size_t i = begin; i < end; i++) 
    sub_s = seqs[i]; 
    cpp_kmer(sub_s, k); 
} 

但不是您定义的自由功能cpp_kmer这里：

std::vector<std::string> cpp_kmer(std::string s, int k){ 
    std::vector<std::string> kmers; 
    int seq_loop_size = s.length() - k+1; 
    for (int z=0; z < seq_loop_size; z++) { 
    std::string kmer; 
    kmer = s.substr(z, k); 
    kmers.push_back(kmer) ; 
    } 
    return kmers; 
} 

你既可以删除结构中的cpp_kmer方法的定义，以便自由函数被使用，或者实际上定义它。

还有其他问题的代码：

• 在你operator()你放弃的结果。我猜你的意思是有这个代替output[i] = cpp_kmer(sub_s, k);

• 即使你做的东西像上面的代码是不安全的，因为output[i] = cpp_kmer(sub_s, k);分配[R对象（每个单独的R串与串矢量），不能在一个单独的线程发生。

如果您确实想要并行执行此操作，则需要确保不要在工作中分配任何R对象。

此外，当考虑使用C++ 11和底层为RcppParallel的tbb库时，编写并行代码要容易得多。例如：

#include <Rcpp.h> 
#include <RcppParallel.h> 

using namespace Rcpp; 
using namespace RcppParallel; 

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]] 
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]] 

using string_vector = std::vector<std::string> ; 
using list_string_vector = std::vector<string_vector> ; 

// [[Rcpp::export]] 
list_string_vector par_cpp_kmer(string_vector seqs, int k, bool v){ 
    int num_seqs = seqs.size() ; 

    list_string_vector out(num_seqs) ; 

    tbb::parallel_for(0, num_seqs, 1, [&seqs,k,&out](int i){ 
    std::string& s = seqs[i] ; 
    int seq_loop_size = s.length() - k+1; 

    std::vector<std::string> vec(seq_loop_size) ; 
    for (int z=0; z < seq_loop_size; z++) { 
     vec[z] = s.substr(z, k); 
    } 
    out[i] = vec ; 

    }) ; 
    return out ; 
} 

这是假设std::string可以在单独的线程分配：

> par_cpp_kmer(c("foobar", "blabla"), 3) 
[[1]] 
[1] "foo" "oob" "oba" "bar" 

[[2]] 
[1] "bla" "lab" "abl" "bla" 

Answer 2

对于不同的结构（或公共名称空间），您可能有一个针对cpp_kmer的实现，但是您的struct p_cpp_kmer缺少成员函数cpp_kmer的实现。你将需要添加一个实现，如：

std::vector<std::string> p_cpp_kmer::cpp_kmer(std::string s, int k) { 
    // your implementation goes here 
}