与knitr一起使用SCons的示例

是否有使用SCons和knitr从.Rmd文件生成报告的最小或甚至更大的工作示例？与knitr一起使用SCons的示例

knit荷兰国际集团的命令行（bash壳），以导出.html文件的cleaning_session.Rmd文件，可通过来完成：

Rscript -e "library(knitr); knit('cleaning_session.Rmd')".

在这种example，RSCRIPT和指令被馈送到Make文件：

RMDFILE=test 

html : 
    Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$(RMDFILE).rmd', '$(RMDFILE).md'); markdownToHTML('$(RMDFILE).md', '$(RMDFILE).html', options=c('use_xhtml', 'base64_images')); browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'$(RMDFILE).html'), sep=''

在这个回答https://stackoverflow.com/a/10945832/1172302，据说有一个使用SCons的解决方案。然而，我没有做足够的测试来为我工作。从本质上来说，拥有类似于https://tex.stackexchange.com/a/26573/8272中提供的示例的东西真是太棒了。

来源

2016-08-04 Nikos Alexandris

您能否给我们一个提示，如何将'.Rmd'文件转换为TeX/LaTeX的命令看起来像？然后，您只需按照https://bitbucket.org/scons/scons/wiki/ToolsForFools的建议将此命令转换为“Command”或适当的Builder，然后将创建的TeX文件称为来源到PDF生成器。然后SCONS应该照顾其余的...... – dirkbaechle

@dirkbaechle感谢您指出正确的文档。最后，我会尝试构建更详尽的内容。 –

[更新一个工作示例是Sconstruct文件：

import os 
environment = Environment(ENV=os.environ) 

# define a `knitr` builder 
builder = Builder(action = '/usr/local/bin/knit $SOURCE -o $TARGET', 
        src_suffix='Rmd') 

# add builders as "Knit", "RMD" 
environment.Append(BUILDERS = {'Knit' : builder}) 

# define an `rmarkdown::render()` builder 
builder = Builder(action = '/usr/bin/Rscript -e "rmarkdown::render(input=\'$SOURCE\', output_file=\'$TARGET\')"', 
     src_suffix='Rmd') 

environment.Append(BUILDERS = {'RMD' : builder}) 

# define source (and target files -- currently useless, since not defined above!) 

# main cleaning session code 
environment.RMD(source='cleaning_session.Rmd', target='cleaning_session.html') 

# documentation of the Cleaning Process 
environment.Knit(source='Cleaning_Process.Rmd', target='Cleaning_Process.html') 

# documentation of data 
environment.Knit(source='Code_Book.Rmd', target='Code_Book.html')

第一建设者调用名为knit自定义脚本。其中，反过来，照顾目标文件/扩展名，这里是cleaning_session.html。在这个例子中，可能完全不需要suffix参数。
第二个建造者加入的是Rscript -e "rmarkdown::render(\'$SOURCE\')"'。
$TARGET s的存在（如在Command wrapper的示例中）确保SCons在目标文件已存在的情况下不会重复工作。

自定义脚本（其源我目前不能检索）是：

#!/usr/bin/env Rscript 

local({ 
    p = commandArgs(TRUE) 
    if (length(p) == 0L || any(c('-h', '--help') %in% p)) { 
    message('usage: knit input [input2 input3] [-n] [-o output output2 output3] 
    -h, --help  to print help messages 
    -n, --no-convert do not convert tex to pdf, markdown to html, etc 
    -o    output filename(s) for knit()') 
    q('no') 
    } 

    library(knitr) 
    o = match('-o', p) 
    if (is.na(o)) output = NA else { 
    output = tail(p, length(p) - o) 
    p = head(p, o - 1L) 
    } 
    nc = c('-n', '--no-convert') 
    knit_fun = if (any(nc %in% p)) { 
    p = setdiff(p, nc) 
    knit 
    } else { 
    if (length(p) == 0L) stop('no input file provided') 
    if (grepl('\\.(R|S)(nw|tex)$', p[1])) { 
     function(x, ...) knit2pdf(x, ..., clean = TRUE) 
    } else { 
     if (grepl('\\.R(md|markdown)$', p[1])) knit2html else knit 
    } 
    } 

    mapply(knit_fun, p, output = output, MoreArgs = list(envir = globalenv())) 
})

唯一的事情，现在，必要的是运行scons。

来源

2016-08-06 16:39:03

与knitr一起使用SCons的示例

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