2015-10-13 63 views
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我有这个脚本来在群集上运行一个模拟。据我所知,我的集群只接受shell脚本。我想把变量LAMBDA放在#PBS -N旁边,但是我的变量被注释掉了,我无法做任何事情。我无法删除“#”,因为我觉得这是一个在集群上运行的预定义设置。是否有任何方法可以实现这一目标?请理解它不是注释#PBS-N是一种给模拟名称的方式。它无意中被注释掉了。如何在shell中的#ed节中放置一个变量

LAMBDA= 0.05 

#PBS -N $LAMBDA_0.05_m_1_200k 
#PBS -l nodes=1:ppn=1,pmem=1000mb 
#PBS -S /bin/bash 
#$ -m n 
#$ -j oe 


FOLDER= 0.57 

WDIR=/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER 

cd /home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER 


/home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v 
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脚本中的注释行只是..注释。将您的变量扩展到注释行中什么也不做。这确实是评论的本质 - 他们什么都不做。从我看到的脚本中,它有五行可以做任何事情 - 三行设置环境变量,一个更改为新目录,最后一行运行另一个命令。如果注释行有其他功能,请编辑您的问题并提供更多详细信息。 [你试图解决的问题到底是什么](http://mywiki.wooledge.org/XyProblem)? – ghoti

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好吧,我会编辑我的问题。 –

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这么多问题。在这里似乎没有足够的信息来提供权威的答案。如果这是一个shell脚本,是否有预处理它并注释掉这些行?你在用什么外壳? (在你的问题的例子中没有“shebang”。)不知道这是否相关,但shell脚本如何分布到集群节点和/或你正在使用什么集群管理系统?您提供的脚本中的剪辑是否是预处理后复制到节点的脚本? – ghoti

回答

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用于什么?您可以回应评论,并将变量作为解决方法看到'备注'&。

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对不起,不好解释,实际上它不是一个评论,PBS设置模拟的名称,它不能被回显,它应该保持原样。以为我可能想尝试你的建议 –

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没问题,是否有可能使用shell脚本编写一个新文件?这样你可以用变量集从原始脚本中编写一个新的脚本。 – Pigman168

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