应用一个函数将两个矩阵的所有列对中的R

我有两个矩阵具有相同的列和行的名称：应用一个函数将两个矩阵的所有列对中的R

> metilacion[1:5,1:5] 
      A2BP1  A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
paciente1 0.2804884 0.5816559 1.1814702 -0.6234276 -0.3997400 
paciente2 0.5122471 1.2944264 0.5673766 0.4490407 -0.6045510 
paciente3 -0.3116356 1.6085049 0.9970350 0.3379215 -0.4787046 
paciente4 -0.7220941 0.8771948 2.1445474 -0.5837802 -0.4848246 
paciente5 -0.3369999 1.5885716 0.8185654 0.2374583 -0.5698858 
> expresion[1:5,1:5] 
      A2BP1   A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
paciente1 -0.9082274 -0.17736185 0.8846485 -0.36059775 -0.5624139 
paciente2 -1.7152290 1.62368019 0.3292617 1.35968899 -0.9220157 
paciente3 -1.0581859 0.33028098 1.1020073 0.01870851 -0.9669236 
paciente4 -0.8389615 1.33754885 0.5122861 -0.14583960 -0.8196533 
paciente5 -1.5273835 0.06418637 0.2695209 0.03381359 -0.4461490

我要计算两个矩阵之间的所有成对的列之间的相关系数并用每个列对的相关值生成另一个对象。

例如，第一列之间的相关系数是：

> cor(metilacion[,1],expresion[,1]) 
[1] -0.09351992

所以，我想生成包含所有的相关值的对象。

谢谢！

来源

2015-06-20 Dani

尝试'肺心病（metilacion，expresion）'根据的cor到'？cor'，'“如果 'x'和'y'是矩阵，那么covari计算'x'的列和'y'的列之间的相关性（或相关性）。 – akrun

如果您只查找相应的列，那么'diag（cor（metilacion，expresion））' – akrun

你可以做cor

cor(metilacion,expression) 
#   A2BP1   A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
#A2BP1 -0.4887051 0.03682951 -0.0404260 0.5795882 -0.03534625 
#A2M -0.5909642 0.01572799 -0.1469085 0.3503903 -0.19412101 
#A2ML1 0.8006633 0.17242226 0.1294179 -0.5827062 -0.05502329 
#A4GALT -0.8036390 0.18066923 -0.2026173 0.6824085 -0.32097886 
#AAAS 0.9033514 -0.54378874 0.7694163 -0.7995712 0.13676285

如果你需要得到相应列

diag(cor(metilacion,expresion))

或者

mapply(cor, as.data.frame(metilacion), as.data.frame(expresion)) 
# A2BP1   A2M  A2ML1  A4GALT  AAAS 
#-0.48870510 0.01572799 0.12941787 0.68240850 0.13676285

来源

2015-06-20 09:43:47 akrun

应用一个函数将两个矩阵的所有列对中的R

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