如何获取rjags中的采样时间？

Question

我已经用rjags实现了LDA模型。我顺利地拿到了最后的样本：

jags <- jags.model('../lda_jags.bug', 
       data = data, 
       n.chains = 1, 
       n.adapt = 100) 

update(jags, 2000) 

samples <- jags.samples(jags, 
     c('theta', 'phi', 'z'), 
     1000) 

现在我可以用samples$theta或samples$phi得到的theta和phi结果。但是我怎么知道需要多长时间进行抽样呢？谢谢！

Answer 1

As @ eipi10声明你可以在update（）调用周围使用system.time（）来为R中的进程计时。或者，你可以使用runjags包来打印更新模型所用的（总）时间，包括之前所有的调用extend.jags：

library('runjags') 
results <- run.jags('../lda_jags.bug', monitor = c('theta', 'phi', 'z'), 
      data = data, n.chains = 1, adapt = 100, burnin = 2000, sample = 1000) 
results 

# or: 

jags <- jags.model('../lda_jags.bug', 
       data = data, 
       n.chains = 1, 
       n.adapt = 0) 
runjags <- as.runjags(jags, monitor = c('theta', 'phi', 'z')) 
results <- extend.jags(runjags, adapt = 100, burnin = 2000, sample = 1000) 
results 
results <- extend.jags(runjags, sample = 1000) 
results