暂停SciPy的odeint

编辑：这个问题是由于一个bug，修复SciPy的0.15暂停SciPy的odeint

因为我开发和测试代码，我可以做一个简单的错误，就像一个NameError。当我使用scipy.integrate.odeint时，odeint将打印错误消息，但是保持整合，无论我请求多少次时间步，因此我得到许多相同的错误消息。我认为它具有这种行为，以便在算术错误发生时（例如，除以零）可以继续进行，但这对编程错误没有帮助。

有没有办法让scipy在第一个错误信息后停止？如果我能够阻止错误而不是算术例外，那将是最好的。

来源

2013-05-07 Alex Szatmary

此错误已被报告https://github.com/scipy/scipy/issues/2570 – astrojuanlu 2013-06-24 10:09:48

这在SciPy 0.15 https://github.com/scipy/scipy/pull/4052中已修复。 – Ben 2015-02-10 11:18:23

odeint是C代码的Python包装，它调用调用C代码来调用我的Python回调代表dy/dt的LSODA（Fortran子例程）。 LSODA不会传递Python异常，并且从C代码的一位跳到另一位很难实现。

我在使用ode而不是odeint找到了令人满意的解决方案。我发现ode开始使用起来比较复杂，但在Python中抛出异常时，它的行为是正确的。下面的fake_odeint()函数是一个开始于使我的目的足够好的odeint函数，以便我可以在我现有的代码中进行交换。使用ode而不是odeint的缺点是LSODA每个时步调用一次;这个调用在C中使用odeint，而在Python中使用ode更慢。

import numpy as np 
from scipy.integrate import ode 

def fake_odeint(func, y0, t, Dfun=None): 
    ig = ode(func, Dfun) 
    ig.set_integrator('lsoda', 
         method='adams') 
    ig.set_initial_value(y0, t=0.) 
    y = [] 
    for tt in t: 
     y.append(ig.integrate(tt)) 
    return np.array(y)

我看着的的Fortran，C，和Python代码如何被用来允许odeint在this SO question与LSODA通信的机制。

来源

2013-06-25 19:12:45

我想我正在使用你的'fake_odeint'函数，直到bug解决！ – astrojuanlu 2013-07-01 21:50:37

暂停SciPy的odeint

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