展平数据矩阵的DataMatrix

我使用getgeodata()方法从NCBI获取微阵列数据。这返回结构，具有字段数据，它是DataMatrix，每列代表不同的样本和代表探针的行。出于某种原因，尽管在数据矩阵的每个细胞本身是一个1x1的二维条码，因此，当我尝试做这样的事情：展平数据矩阵的DataMatrix

am_accession = getgeodata('GSE2034') 
am_data_adj = rmabackadj(am_accession.Data)

Matlab的引发错误：

Error using rmabackadj (line 80) Probe intensity values must be numeric and real.

我想我需要压扁DataMatrix，以便1x1 DataMatrices中的值是较大DataMatrix中的值，但是，我不确定如何在Matlab中完成此操作。

任何想法如何做到这一点（惯用）？

来源

2016-07-29 merv

DataMatrix看起来是一个matlab类/对象（特别是bioma.data.DataMatrix）。

这意味着您可以阅读其文档，即doc bioma.data.DataMatrix。您也可以直接从对象中获取可用方法的列表，方法是在控制台中写入DataMatrix的名称和点后，按[TAB]。

在任何情况下，似乎没有你想要的正是一个.double()方法，即所有的数据转换成双打的阵列，即

am_accesion.Data.double()

来源

2016-07-29 16:12:06

这是一个有趣的数据结构;我没有来过它。你可以做像MyData（：''columnname'）'，或'MyData（[1：5]，{'columnname1'，'columnname2'}）''。这很酷，很高兴知道这存在。 –

似乎与R数据帧类似。 DataMatrix中的DataMatrix虽然即使以这种方式存储，也很奇怪 - 它使变量检查视图变得无用。 – merv

如果您希望获得仍保留按行/列名查询的子集（即它是同一类型的子集）的子集，那么这很有意义。真正的弱点是matlab无法链接操作符，所以你必须在整个地方分配临时变量，也就是'd = Data（1：10,1：10）; d.double（）'而不是'Data（1：10,1：10）.double（）'或者甚至是'Data.double（）（1：10,1：10）' –

展平数据矩阵的DataMatrix

回答

相关问题