如何获取工作目录路径？

Question

我想知道如何管理我的Snakefiles中的路径。说我有这个配置：

current_dir 
current_dir/snakefiles 
current_dir/configfiles 

，我执行我的工作流程是这样的：

current_dir$ snakemake -s snakefiles/my_snakefile --configfile configfiles/my_config.yml 

我知道我可以使用全局变量workflow.snakefile获取路径到我的Snakefile，但我想获得也：

• 的路径，我CONFIGFILE
• 所在的路径，我执行我的snakefile，如current_dir

如何实现这一目标？ Snakemake中是否还有其他全局变量，我不知道？

谢谢

Answer 1

工作目录通过Python设置。你可以用os.getcwd()得到它。另请注意，有一种规范的方式来组织Snakemake工作流程：http://snakemake.readthedocs.io/en/latest/project_info/faq.html#what-is-the-recommended-way-to-distribute-a-snakemake-workflow。

虽然你当然可以使用别的东西，但遵循这个方案可以帮助他人理解你的工作流程。当然可能有这种情况不适合。