2017-04-13 119 views
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在堆栈中已经有很多这样的问题了......我发现了很多问题,但它并不能解决我的问题。通过源码安装rgdal

这些是我以前试过的东西。去CRAN网站 cran.r-project.org/web/packages/rgdal/index.html

我们看到,为了搭建这个包,我们需要

  • GDAL> = 1.6。 3,来自trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource的库和
  • PROJ.4(proj> = 4.4.9)from download.osgeo.org/proj/;

此外,我们需要依赖

  • 取决于:R(≥3.3.0),方法,SP(≥1.1-0)

但这些都已经安装。

我们已经安装了该系统的依赖,因为

[]$ gdal-config --version 
2.1.3 
[]$ proj 
Rel. 4.4.9, 29 Oct 2004 
usage: proj [ -beEfiIlormsStTvVwW [args] ] [ +opts[=arg] ] [ files ] 

然而,当我们试图通过

install.packages("rgdal_1.2-5.tar.gz",type = "source",repos = NULL, 
configure.args=c('--with-proj-include=/usr/local/include','--with-proj-lib=/usr/local/lib')) 

的configure.args选择安装的软件包是从答案中 rgdal package installation

但是,安装时仍然出现错误...这是日志的一部分

*** installing help indices 
     converting help for package ‘rgdal’ 
     finding HTML links ... done 
     CRS-class        html 
     GDALDataset-class      html 
     GDALDriver-class      html 
     GDALMajorObject-class     html 
     GDALRasterBand-class     html 
     GDALReadOnlyDataset-class    html 
     GDALReadOnlyDataset-methods    html 
     GDALTransientDataset-class    html 
     GridsDatums        html 
     RGB2PCT         html 
     SGDF2PCT        html 
     SpatialGDAL-class      html 
     closeDataset-methods     html 
     displayDataset       html 
     llgrid         html 
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/llgrid.Rd:11: missing file link ‘Spatial’ 
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/llgrid.Rd:16: missing file link ‘gridat’ 
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/llgrid.Rd:17: missing file link ‘gridat’ 
     make_EPSG        html 
     nor2k         html 
     projInfo        html 
     project         html 
     readGDAL        html 
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/readGDAL.Rd:136: missing file link ‘flipVertical’ 
     readOGR         html 
     showWKT         html 
     spTransform-methods      html 
     wrappers        html 
     writeOGR        html 
    ** building package indices 
    ** installing vignettes 
    ** testing if installed package can be loaded 
    Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
     unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/rgdal/libs/rgdal.so': 
     libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory 
    Error: loading failed 
    Execution halted 
    ERROR: loading failed 
    * removing ‘/usr/lib64/R/library/rgdal’ 
    Warning message: 
    In install.packages("rgdal_1.2-5.tar.gz", type = "source", repos = NULL) : 
     installation of package ‘rgdal_1.2-5.tar.gz’ had non-zero exit status 

请注意,在这里引发的警告是apparantly没有显示塞(如在https://groups.google.com/forum/#!topic/batchjobs/TvwTbqrWFyU说的) 如此看来,该系统依赖(GDAL和PROJ)都遇到了......包的依赖关系(方法,sp)也在那里。但是,安装无法找到某些文件.. 我知道从stackoverflow和你可以给R的install.packages()命令提供某些参数......就像上面的代码片段所示..所以它可能是我不是指定足够的路径......或者其对老edgenode别的东西

Atlast,GDAL和凸出的位置由

  • @中给定的:在/ usr/local/lib目录/ libgdal。 so.20
  • 凸出:/usr/local/lib/libproj.so.0 11时26分32秒

你们可以告诉我们该从哪里出发?

回答

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我面对同样的问题,在Ubuntu的另一个线程中,答案是哪个rgdal-config提供了两个安装点,这是错误的,所以他卸载了一个。在另一个线程上解决方案是安装libgdal-dev,因为它们需要从源代码安装。

我在Arch Linux上,所以这些都不是我的答案。我发现对于libgdal-dev,AUR软件包“python-gdal”给了我所需的代码,但是关键的是rgdal的可选依赖项(它对我来说没有问题)是mariadb 。在错误中,你可以看到它与mysql_client18通信失败。

因此,我安装了maria db,sudo pacman -S mariadb,我终于可以为r安装r-cran-gdal了。r-cran-gdal的PKGBUILD不合格日期在AUR上,但是手动编辑PKGBUILD和makepkg -si终于奏效了。