如何发送python变量到perl子进程

我想用perl正则表达式来做一些复杂的匹配。在外壳，它看起来像：如何发送python变量到perl子进程

cut -f6 file.txt | perl -ne 'chomp; $col=$_; $clipped = 0; foreach($col =~ m/(\d+)S/g){ $clipped +=$_;} print $col,"\t",$clipped,"\n";'

而这个工作，但这个脚本的下游部分花费的时间太长了，所以我想这样做在python，来代替。

为了清楚起见，perl行在文件的第六列中找到字符“S”之前的数字。可能有多个“S”，因此它会在任何“S”之前找到任何数字并存储该数字，然后$剪辑将总结这些数字。如果该列看起来像12S1I100M37S，那么$剪辑将总共为49，前面的12S和最后的37S。它会忽略所有其他数字。使用split（）[5]，我可以得到第六列的变量，但我不知道如何将它传递给subprocess.call（'perl -ne etc'）。

有人可以建议我怎么能做到这一点或如何使用python re模块进行相同类型的匹配？

来源

2017-05-04 nietzschemouse

简单：'perl -lane'$ sum = 0; $ sum + = $ _ for $ F [5] =〜/（\ d +）S/g;打印“$ F [5] \ t $ sum”''。（如果是制表符分隔的输入，则添加'-F \ t'）。不知道为什么你认为Python的速度会更快（除非程序的其余部分是用Python编写的，并且你想完全避免子进程，但是你指示了你仍然想使用'perl'）。 – ikegami

这不是python中速度更快的步骤 - 它是一个下游过程，但我想我可能会把它们全部包装在一个脚本中。这是如何将一个python变量传递给perl行的？ – nietzschemouse

如果你想要一个单独的脚本，你为什么要问如何将变量传递给其他脚本？ – ikegami

最有可能的一种更紧凑的方式来写在Python中。这只是我的尝试，从字面上看你的问题定义/边界。无论如何，要指出的是，如果你想坚持使用Python，使用re模块肯定是一个简单的选择。

import re 

def sum_str_digits(my_string): 
    split_string = re.split(r'(\d+)', my_string) 
    sums = 0 
    for index, string_piece in enumerate(split_string): 
     if string_piece == 'S': 
      sums += int(split_string[index - 1]) 
    return sums 

# For Python 2.x 
print sum_str_digits(my_string='12S1I100M37S') 

# Python 3.x 
print(sum_str_digits(my_string='12S1I100M37S'))

来源

2017-05-04 15:58:51 HFBrowning

我使用python3.5，并需要将打印语句包装在圆括号中，但这是完美的，否则。谢谢！ – nietzschemouse

如何发送python变量到perl子进程

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