如何在批量使用cacheSweave通过make进行Sweave调用？

Question

我一直在使用makefile来自动执行Sweave中的分析报告，使用Jeromy Anglim概述的方法取得了巨大成功。我最近听说过cacheSweave软件包，我想将该功能合并到我的Rnw文件中。我使用ProjectTemplate包在启动时加载所有必需的文件，这需要一些时间，因为我必须预处理原始数据文件。在cacheSweave暗角的例子展示如何使用R对话中cacheSweave驱动程序运行Sweave：

library(cacheSweave) 
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver) 

我将如何使用cacheSweaveDriver在我的命令在批处理模式下运行Sweave？在我的makefile我这是怎么调用Sweave：

$(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD SWeave $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw 

我使用Emacs + ESS创建.Rnw文件并运行make。这里是我的makefile作参考休息：

TEXFILE=report_presentation 
PLOTDIR= ../graphs 
PLOTS= 
FIGURES= $(PLOTDIR)/$(PLOTS) 
INPUTS= 

all: $(TEXFILE).pdf; make clean 

.PHONY: all clean 

$(TEXFILE).pdf: $(TEXFILE).tex $(FIGURES) $(INPUTS) 
# Initial run 
pdflatex $(TEXFILE) 

# Run bibtex if missing citations 
@if(grep "Citation" $(TEXFILE).log > /dev/null);\ 
then \ 
    bibtex $(TEXFILE);\ 
    pdflatex $(TEXFILE); \ 
fi 

# Recompile if instructed 
@if(grep "Rerun" $(TEXFILE).log > /dev/null);\ 
then \ 
    pdflatex $(TEXFILE); \ 
fi 

    $(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Sweave $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw 

    ## Remove unnecessary files 
    clean: 
     -rm -f $(TEXFILE).log $(TEXFILE).aux $(TEXFILE).out $(TEXFILE).blg $(TEXFILE).bbl $(TEXFILE).nav $(TEXFILE).snm $(TEXFILE).toc Rplots.pdf 

Answer 1

格雷戈尔Gorjanc有一个shell脚本，让这样的：

http://ggorjan.blogspot.com/2008/11/sweavesh-plays-with-cachesweave.html

它比我自制的解决方案更优雅：这是使称为 “runcachesweave.R” 简单的文件包含：

library(cacheSweave) 
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver) 

，然后调用 - [R CMD BATCH runcachesweave.R; latexmk -pdf foo.tex