HDF5与ROOT框架的集成

我已经与ROOT广泛合作，它有自己的数据文件格式，但由于各种原因，我们希望切换到HDF5文件。不幸的是，我们仍然需要一些在格式之间翻译文件的方法。有没有人知道任何现有的图书馆这样做？HDF5与ROOT框架的集成

2012-04-12 Shep

你可能会检查出rootpy，这对于通过PyTables转换ROOT文件到HDF5设施：如果这个问题仍然是你的兴趣http://www.rootpy.org/commands/root2hdf5.html

2012-05-18 20:46:45 Jon

也发现这个独立（这是我找到的）。 – Shep 2012-05-19 05:57:26

现在还有其他一些： - https://github.com/havoc-io/root2hdf5 - https://github.com/diana-hep/rootconverter/blob/master/root2hdf5/src/root2hdf5.cpp – DragonTux 2016-04-20 07:55:49

，最近也出现了较大的改进rootpy的root2hdf5脚本和root_numpy包（其中root2hdf5用来TTrees转换为NumPy的结构数组）：

root2hdf5 -h 
usage: root2hdf5 [-h] [-n ENTRIES] [-f] [--ext EXT] [-c {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}] 
       [-l {zlib,lzo,bzip2,blosc}] [--script SCRIPT] [-q] 
       files [files ...] 

positional arguments: 
    files 

optional arguments: 
    -h, --help   show this help message and exit 
    -n ENTRIES, --entries ENTRIES 
         number of entries to read at once (default: 100000.0) 
    -f, --force   overwrite existing output files (default: False) 
    --ext EXT    output file extension (default: h5) 
    -c {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}, --complevel {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9} 
         compression level (default: 5) 
    -l {zlib,lzo,bzip2,blosc}, --complib {zlib,lzo,bzip2,blosc} 
         compression algorithm (default: zlib) 
    --script SCRIPT  Python script containing a function with the same name 
         that will be called on each tree and must return a tree or 
         list of trees that will be converted instead of the 
         original tree (default: None) 
    -q, --quiet   suppress all warnings (default: False)

来源

2013-01-19 20:04:35 ndawe

，当我最后一次检查的（几个月前）root2hdf5有一个限制，即它无法处理它是阵列TBranches。出于这个原因，我写了一个bash脚本：root2hdf（对于非创意名称感到抱歉）。

它将ROOT文件和文件中TTree的路径作为输入参数并生成源代码&编译为可在ROOT文件上运行的可执行文件，将它们转换为HDF5数据集。

它也有一个限制，它不能处理化合物TBranch类型，但我不知道root2hdf5也没有。

来源

2014-02-10 06:30:49 ghollisjr

我被你的TH3Danim分心了。这很酷，但[它泄漏内存]（https://github.com/ghollisjr/TH3Danim/blob/master/TH3Danim.hh#L62）。 – Shep 2014-02-10 12:53:27

啊是的TH3Danim有点灰尘;我真的只在ROOT会话中使用它，所以它没有抱怨在第一次使用时试图释放内存。我会修补它。 – ghollisjr 2014-02-11 20:24:44

很确定，仍然没有这样做：你在一个指针数组上调用数组析构函数，它只会删除指向这些对象的所有指针，而不会触及这些对象。 – Shep 2014-02-12 23:10:50

HDF5与ROOT框架的集成

回答

相关问题