计算从设置节点到所有其他节点的最短路径，其中一些节点被禁止路径

Question

我想在Python中实现以下内容，但不知道从哪里开始。对于这种类型的最短路径问题，有没有好的模块？

我试图XYZ的给定集合中，以限定从特定原子（节点）到所有其它原子（节点）的最短路径坐标用于3D化学结构（图）。原子（节点）之间的键是允许从节点到节点的行进的边缘。

我想根据从选定中心节点向外的连通性从分子（图）中筛选出某些原子（节点）。

**对于考虑的路径，我想FORBID特定的原子（节点）被越过。如果从A到B的最短路径是通过禁止节点的，那么这个答案是不允许的。从A到B的最短路径不得包含禁止节点**如果从所选中心原子（A）到另一个其他节点（B）的最短路径包含禁止节点，并且没有其他可用路径可用从A到B通过可用的边（键），然后从最后一组要保存的xyz坐标（节点）中删除节点B.

对于结构（图）中的所有其他原子（节点），这应该针对A到C，A到D，A到E等重复。

在此先感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

确保导致禁止节点的所有边都具有无限的成本，并且您使用的任何图遍历算法都会自动处理。

或者，只是删除禁止的节点被图遍历算法考虑。

Answer 2

要回答你的问题的第一部分，我推荐networkx.这是一个通用的图形库，很容易进入（我用它在我的博士学位）。