将基于行的条目转换为基于shell的列

Question

我需要您对多行条目进入不同列的帮助。并对文件中的所有条目执行相同的操作。

文件示例（只显示2项，还有很多这样的）：需要

>ABC 
* 
AGA-AUUCUC-CGGUUCAAUCU 
||| 
UCUAUAACCGCGCCGAGUUAGU 

>ABC 
* 
AGAUAU-GCUGCAGGCUCAAUUG 
|||||| 
UCUAUAACCGCG-CCGAGUUAGU 

文件格式：

>ABC AGA-AUUCUC-CGGUUCAAUCU UCUAUAACCGCGCCGAGUUAGU 
>ABC AGAUAU-GCUGCAGGCUCAAUUG UCUAUAACCGCG-CCGAGUUAGU 

我能够通过向单个条目转换成需要的格式：

tr '\n' '\t' <test3 | awk '{print $1,$3,$5}' 

但是，如何通过读取整个文件来处理所有条目？

Answer 1

我认为你和你原来的awk解决方案在正确的轨道上。尝试这个;我认为这是可读的，有效的良好结合：

awk 'BEGIN { RS="\n\n" } ; { print $1, $3, $5 }' < myfile 

这样做是为了告诉awk来处理空行（连续2个新行）作为记录分隔符。然后将每个节作为单个记录处理，并且空白（在本例中为单个换行符）将字段分隔开。这与tr的处理非常相似，除了现在awk将一次处理整个文件处理节。

Answer 2

下面是使用Perl的一种方式：

perl -ne 'chomp; if($. % 2 == 1) { print $_, ($. % 6 == 5) ? "\n" : "\t" }' 

，将打印第1，第3，第5，第7，等等，文件的线路。在第5,11,11和17行之后，它将打印换行符;在其他行之后，它将只打印一个选项卡。

（注：这是假定有五行连续组之间正好有一个空行如果这不的话，那么请澄清。）

Answer 3

您可以使用awk这样的：

awk 'NR%2 { printf "%s%s", $0, (NR+1)%6 ? " " : "\n" }' < test 

说明：

你需要知道这两日英格斯约awk：

• 语法condition { commands }，如果condition为真，其中commands被executied（非零）。

• NR是（即，行数）当前记录的数目，从1开始

这里，条件是NR%2，这是非零奇数为数字线。所以该命令仅对奇数行执行，这些行是您要打印的行。偶数行被无声丢弃。

printf将打印每一个奇数行，然后是空格或换行符。您的输入每6行重复一次，并且您希望在第5,11,17，等之后换行。您可以将这些数字中的每一个加1以使其可以被6整除，因此对于这些数字，公式(NR+1)%6为0。

因此(NR+1)%6 ? " " : "\n"的计算结果为行1和行3的空间，行5的换行符。然后重复7,9和11;等等。