2010-12-09 46 views
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背景我该如何重写这段代码才能按照预期使用plyr/ddply?

我有概率分布的数据帧,我想计算统计汇总为:

priors <- structure(list(name = c("theta1", "theta2", "theta3", "theta4", 
    "theta5"), distn = c("gamma", "beta", "lnorm", "weibull", "gamma"), 
    parama = c(2.68, 4, 1.35, 1.7, 2.3), paramb = c(0.084, 7.2, 0.69, 0.66, 3.9), 
    another_col = structure(c(3L, 4L, 5L, 1L, 2L 
    ), .Label = c("1", "2", "a", "b", "c"), class = "factor")), 
    .Names = c("name", "distn", "parama", "paramb", "another_col"), row.names = c("1", 
    "2", "3", "4", "5"), class = "data.frame") 

方法

第1步:我写了一个函数来计算摘要并返回mean(lcl, ucl)

summary.stats <- function(distn, A, B) { 
    if (distn == 'gamma' ) ans <- c(A*B,      qgamma(c(0.05, 0.95), A[ ], B)) 
    if (distn == 'lnorm' ) ans <- c(exp(A + 1/2 * B^2),  qlnorm(c(0.05, 0.95), A, B)) 
    if (distn == 'beta' ) ans <- c(A/(A+B),     qbeta(c(0.05, 0.95), A, B)) 
    if (distn == 'weibull') ans <- c(mean(rweibull(10000,A,B)), qweibull(c(0.05, 0.95), A, B)) 
    if (distn == 'norm' ) ans <- c(A,       qnorm(c(0.05, 0.95), A, B)) 
    ans <- (signif(ans, 2)) 
    return(paste(ans[1], ' (', ans[2], ', ', ans[3],')', sep = '')) 
} 

第2步:我想补充一个新的列到我的数据帧称为stats

priors$stats <- ddply(priors, 
        .(name, distn, parama, paramb), 
        function(x) summary.stats(x$distn, x$parama, x$paramb))$V1 

问题1:

什么是做到这一点的正确方法?我得到一个错误,当我尝试

   ddply(priors, 
        .(name, distn, parama, paramb), 
        transform, 
        stats = function(x) summary.stats(x$distn, x$parama, x$paramb)) 

问题2:(加分)

有没有更有效的方式来编码summary.stats功能,即以较少的“如果的”?

更新

感谢巴蒂尔和约书亚清除这件事对我来说。

我还发现一个问题,应该对别人有帮助试图do a plyr operation on every row of a dataframe

回答

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下面是一个使用switch而不是你summary.stats的清理后的版本。我还在输出中添加了“stats”这个名字,因为这似乎是让你失望的原因。

summaryStats <- function(distn, A, B) { 
    CI <- c(0.05, 0.95) 
    FUN <- get(paste("q",distn,sep="")) 
    ans <- switch(distn, 
    gamma = A*B, 
    lnorm = exp(A + 1/2 * B^2), 
    beta = A/(A+B), 
    weibull = mean(rweibull(10000,A,B)), 
    norm = A) 
    ans <- c(ans, FUN(CI, A, B)) 
    ans <- (signif(ans, 2)) 
    out <- c(stats=paste(ans[1], ' (', ans[2], ', ', ans[3],')', sep='')) 
    return(out) 
} 

我不知道如何与plyr做到这一点,但您可以用枯燥的醇” sapply做这样的:

priors$stats <- sapply(1:nrow(priors), 
    function(i) with(priors[i,], summaryStats(distn, parama, paramb))) 
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我可能失去了一些东西,但使用Josh的功能,你的数据,这工作正常。

priors <- ddply(priors, 
    .(name, distn, parama, paramb), 
    function(x) summaryStats(x$distn, x$parama, x$paramb)) 
colnames(priors)[5] <- "stats" 

你想让你的输出看起来像什么?

> priors 
    name distn parama paramb   stats 
1 theta1 gamma 2.68 0.084 0.23 (7.8, 69) 
2 theta2 beta 4.00 7.200 0.36 (0.15, 0.6) 
3 theta3 lnorm 1.35 0.690 4.9 (1.2, 12) 
4 theta4 weibull 1.70 0.660 0.59 (0.12, 1.3) 
5 theta5 gamma 2.30 3.900 9 (0.12, 1.3) 

编辑

对不起,没有看过你的整个评论。然后这应该工作(在我的例子中,我忽略了一列):

ddply(priors, .(distn, parama, paramb), function(x) 
    data.frame(x, stats=summaryStats(x$distn, x$parama, x$paramb))) 
+0

我认为这是他希望新列名称是“统计”。我已经将它添加到了他的函数版本中。 – 2010-12-09 22:34:25