为什么python生成的pymol（pml）脚本在PyMoL中不能正确运行？

Question

我已经写了一个python脚本，它接受一个上游结果并将其输出为一个pml脚本（一系列PyMoL命令）。当我在pymol中运行文件时，一些命令运行，但命令行返回'无效选择'选择器错误。

例如，该脚本返回文本行如：

fetch 3MPF 
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68 
remove 3MPF 
align 3MPFB63, ref 

当脚本在PYMOL运行它说：

PyMOL>fetch 3MPF 
please wait ... 
PyMOL>create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68 
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF". 
(3MPF and c. B and i. 63-68)<-- 
PyMOL>remove 3MPF 
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF". 
(3MPF)<-- 
PyMOL>align 3MPFB63, ref 
Selector-Error: Invalid selection name "3MPFB63". 
3MPFB63<-- 

但是，如果从错误的命令单独运行，也就是复制和粘贴代码段create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68该命令运行良好，并进行选择并创建对象。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

看起来好像这个问题的答案是在fetch调用中包含async = 0，迫使命令行在执行第二个命令之前等待该命令的返回，即它试图在选择对象之前他们存在。

例如，

fetch 3MPF, async=0 
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68 
delete 3MPF 
align 3MPFB63, ref 

这就是现在按预期工作。如果在完成PML自动运行时还有其他事情会中断，则会回发。

经典，“只要你求助于你就明白了”的情况。