在ggplot2中绘制lmer（）

Question

我正在尝试调整我的图形，使其适用于科学报告。看下面的例子（从这里：http://glmm.wikidot.com/faq）。

如何更改ggplot设置，使行以灰度显示？

library("lme4") 
library("ggplot2") # Plotting 
data("Orthodont",package="MEMSS") 
fm1 <- lmer(
formula = distance ~ age*Sex + (age|Subject) 
, data = Orthodont 
) 

newdat <- expand.grid(
age=c(8,10,12,14) 
, Sex=c("Female","Male") 
, distance = 0 
) 

mm <- model.matrix(terms(fm1),newdat) 
newdat$distance <- predict(fm1,newdat,re.form=NA) 

pvar1 <- diag(mm %*% tcrossprod(vcov(fm1),mm)) 
tvar1 <- pvar1+VarCorr(fm1)$Subject[1] 
cmult <- 2 ## could use 1.96 
newdat <- data.frame(
    newdat 
    , plo = newdat$distance-cmult*sqrt(pvar1) 
    , phi = newdat$distance+cmult*sqrt(pvar1) 
    , tlo = newdat$distance-cmult*sqrt(tvar1) 
    , thi = newdat$distance+cmult*sqrt(tvar1) 
) 

g0 <- ggplot(newdat, aes(x=age, y=distance, colour=Sex))+geom_point() 
g0 + geom_errorbar(aes(ymin = plo, ymax = phi))+ 
labs(title="CI based on fixed-effects uncertainty ONLY") + theme_bw() 

我也不清楚为什么开方（）在这行代码被用于：

plo = newdat$distance-cmult*sqrt(pvar1) 

感谢

Answer 1

@aosmith是正确的 - scale_color_grey可能是你在找什么。

g0 <- ggplot(newdat, aes(x=age, y=distance, colour=Sex))+geom_point() 
g0 + geom_errorbar(aes(ymin = plo, ymax = phi)) + 
labs(title="CI based on fixed-effects uncertainty ONLY") + 
theme_bw() + scale_color_grey(start = 0.2, end = 0.5) 

如果你能（你在这里），它通常最好使用冗余编码，即用两个变量（如颜色和线型）编码性。它更容易察觉两者之间的差异。

g0 <- ggplot(newdat, aes(x=age, y=distance, colour=Sex, linetype = Sex)) + geom_point() 
g0 + geom_errorbar(aes(ymin = plo, ymax = phi)) + 
labs(title="CI based on fixed-effects uncertainty ONLY") + 
theme_bw() + scale_color_grey(start = 0.2, end = 0.5) + scale_linetype()