运行使用rpy2进行生存分析的错误

Question

我试图在ipython中使用rpy2执行生存分析。

以下制剂失败：

%Rpush df 
surv_fit = surv.coxph("Surv(start, end, status) ~ x", data=df) 
> RRuntimeError: Error: $ operator is invalid for atomic vectors 

但是，如果我做的这一切，使用R魔法，它的工作原理：

%Rpush df 
%R surv.fit <- coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df) 

是否存在与监测网对象的问题吗？

Answer 1

这是因为%Rpush是推动变量R.

你的第一个例子则必须是： surv_fit = rpy2.robjects.r(""" surv.coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df) """)