R与RNetCDF的结果不一致 - 为什么？

我无法使用RNetCDF从NetCDF数据文件中提取数据。每个数据文件都有3个维度（经度，纬度和日期）和3个变量（纬度，经度和气候变量）。有四个数据集，每个数据集都有不同的气候变量。R与RNetCDF的结果不一致 - 为什么？

为了清楚起见，以下是print.nc（p8m.tmax）的一些输出。除特定的气候变量外，其他数据集是相同的。

dimensions: 
    month = UNLIMITED ; // (1368 currently) 
    lat = 3105 ; 
    lon = 7025 ; 
variables: 
    float lat(lat) ; 
      lat:long_name = "latitude" ; 
      lat:standard_name = "latitude" ; 
      lat:units = "degrees_north" ; 
    float lon(lon) ; 
      lon:long_name = "longitude" ; 
      lon:standard_name = "longitude" ; 
      lon:units = "degrees_east" ; 
    short tmax(lon, lat, month) ; 
      tmax:missing_value = -9999 ; 
      tmax:_FillValue = -9999 ; 
      tmax:units = "degree_celsius" ; 
      tmax:scale_factor = 0.01 ; 
      tmax:valid_min = -5000 ; 
      tmax:valid_max = 6000 ;

我得到的行为我不明白当我从RNetCDF包使用var.get.nc函数。

例如，当我试图提取82个值在stval从最高温度数据开始（p8m.tmax < - open.nc（tmaxdataset.nc）），与

> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

（其中lon_val和lat_val指定数据集中我感兴趣的坐标和stval的位置stval设置为哪个（time_vec == 200201），在这种情况下等于1285.）我得到错误：无效参数

但是在成功提取80和81值

> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,80)) 
> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,81))

82件作品命令：

> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82)) 

[1] 444 866 1063 ... [output snipped]

在结构相同的TMIN文件会发生同样的问题，但在36代替82：

> var.get.nc(p8m.tmin,'tmin', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,36))

产生错误：无效参数

但在重复计数为30,31等后

> var.get.nc(p8m.tmin,'tmin', start=c(lon_val, lat_val, stval), count=c(1,1,36))

的作品。

这些例子看起来好像函数在最后一次计数失败，但事实并非如此。在第一个示例中，我询问了84个值后，var.get.nc给出了Error：无效参数。然后，我通过改变数据集中的起始点并一次只请求1个值，将故障范围缩小到第82位。问题发生的具体编号也各不相同。我可以关闭并重新打开数据集，并在不同的位置出现问题。

在上面的特定例子中，lon_val和lat_val分别是1595和1751，标识了我感兴趣的纬度和经度沿纬度和经度的数据集中的位置。第1595纬度和第1751经度是但不是问题。我尝试过的所有其他经纬度都会出现问题。

根据气候变量维度（stval）和/或指定它不同（作为命令中的数字而不是对象stval）来改变数据集中的起始位置也不能解决问题。

此问题并不总是会发生。我可以连续运行三次相同的代码（清除运行之间的所有对象），并且每次都得到不同的结果。第一场比赛可能会在我试图获得的第7场比赛中窒息，第二场比赛可能会正常工作，第三场比赛可能会在第83场比赛中窒息。我对这种不一致的行为感到莫名其妙。

open.nc函数也开始失败，出现相同的错误：无效参数。像var.get.nc问题一样，它也不一致。

有谁知道是什么原因导致初始失败提取变量？我怎么可能阻止它？可能需要处理数据文件的大小（每个大约60GB）和/或通过网络驱动器访问它们的事实？

这也要求在这里： https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-June/281233.html

> sessionInfo() 
R version 2.13.0 (2011-04-13) 
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit) 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C       
[5] LC_TIME=English_United States.1252  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] reshape_0.8.4 plyr_1.5.2  RNetCDF_1.5.2-2 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_2.13.0

来源

2011-06-20 sarcozona

lon_val，lat_val和stval的值是什么？并且是p8m.tmax真的是来自open.nc的一个nc变量吗？ sessionInfo（）告诉你什么？你能分享一个链接到文件，或类似的和你使用的完整代码吗？ – mdsumner

@mdsumner p8m.tmax是我如何将连接分配给tmax数据集。像p8m.tmax < - open.nc（'tmax.nc'）。在上面的特定示例中，lon_val和lat_val分别是1595和1751，标识我感兴趣的经度和纬度的数据集中的位置.stval被设置为（time_vec == 200201），在这种情况下等于1285 。同样的问题（错误：无效的参数）会发生，无论我是否将实际数字输入到起始向量中。 – sarcozona

@mdsumner我不能共享数据的链接，因为我不拥有这些数据，而且我对netcdf也不熟悉以创建类似的数据。每个数据文件也是60GB。示例代码位于我的公共保管箱中的'Stack文件夹'中http://db.tt/BFn0W5Q – sarcozona

为了解决这个问题，我从RNetCDF包（1.5.2-2版）切换到ncdf包（1.6.5）。这两个包中的函数具有相似的名称并具有相同的用途[open.nc vs open.ncdf，var.get.nc vs. get.var.ncdf]。使用完全相同的代码将RNetCDF函数名替换为ncdf函数，我没有得到任何错误和预期的结果。

因此，尽管下面RNetCDF命令失败（只是有时&没有明显的理由）

>p8m.tmax <- open.nc('tmax.nc') 
>var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

这些ncdf命令永远不会失败

>p8m.tmax <- open.ncdf('tmax.nc') 
>get.var.ncdf(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

这是不是一个真正的解决方案 - 我仍不很不知道为什么RNetCDF软件包中的功能有时可以工作，有时却不能。但是，它确实允许我提取我需要的数据，并希望可以用于R中使用netcdf数据的其他人。

来源

2011-06-22 23:57:36 sarcozona

R与RNetCDF的结果不一致 - 为什么？

回答

相关问题