如何在MATLAB中矢量化相交核函数？

Question

我需要预先计算在MATLAB中使用LIBSVM的直方图相交核矩阵。

假设x，y是两个向量。核函数是K（x，y）= sum（min（x，y））。为了高效，大多数情况下的最佳做法是对操作进行矢量化。

我想要做的就像计算像计算两个矩阵之间的欧氏距离的核矩阵，如pdist2（A，B，'euclidean'）。定义函数'intKernel'后，我可以通过调用pdist2（A，B，intKernel）来计算交集内核。

我知道函数'pdist2'可能是一个选项。但我不知道如何编写自定义距离函数。虽然，我不知道如何在一个浓缩表达式中编码向量（1-by-M）和矩阵（M-by-N）之间的交集核心。

'repmat'可能不可行，因为矩阵非常大，让我们说，20000乘360000。

任何帮助，将不胜感激。

问候， 彭珮云

Answer 1

我觉得pdist2是一个不错的选择，所以我帮您定义距离函数。

根据文档，自定义距离函数必须有2个输入：第一个是一个1乘N的向量;第二个是一个M乘N的矩阵（注意订单！）。

为避免使用repmat确实存在内存消耗，您可以使用bsxfun对单数据维度上扩展的数据应用一些基本操作。在你的情况下，你可以做以下事情：

distance_kernel = @(x,Y) sum(bsxfun(@min,x,Y),2); 

对列进行求和得到一个列向量作为输出。

然后只需拨打pdist2即可完成。