R：apt-get install r-cran-foo与install.packages（“foo”）

在Ubuntu下安装R软件包（在本例中为mcmcpack）时，我可以选择以下两种安装方法：R：apt-get install r-cran-foo与install.packages（“foo”）

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades 
apt-get install r-cran-mcmcpack 

# Let R take care of installation/upgrades 
install.packages("mcmcpack")

问题：

是任何的安装被认为是 “最佳实践” R包的两种方式？
假设我第一个install.packages("mcmcpack")和稍后apt-get install r-cran-mcmcpack - 我应该预料麻烦？
假设我第一个apt-get install r-cran-mcmcpack和更高版本install.packages("mcmcpack") - 我应该期待麻烦吗？

来源

2010-01-31 knorv

这并不像看起来那么容易。

apt-get update是好的，如果当
- 包存在 - 但只有约150个左右r-cran-*包出来的2100+包在CRAN池的，因此相当稀疏覆盖
- 包维护，缺陷及当前
- 你是双开心就好 - 年度版本被Ubuntu
install.packages()后来update.packages()是好的，如果当
- 你知道如何才能有内置时间依赖性（除了r-base-dev）安装
- 您不介意手动运行update.packages()以及更新apt-get。

在工作中我的Ubuntu机器，我去的第二个解决方案。但是因为第一个更好如果你有足够的覆盖范围，我们已经建立了cran2deb，它提供了amd64和i386的2050+二进制deb包，但是仅用于Debian测试。这是我在家里使用的。

至于是否你“你应该想到麻烦”最后一个问题：没有，因为R_LIBS_SITE在/etc/R/Renvironment设为

# edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for 
#    Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007 Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS 
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\ 
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着您包进入/usr/local/lib/R/site-library而那些通过apt管理进入/usr/lib/R/site-library和（在基本包的情况下）/usr/lib/R/library。

希望澄清事项。 r-sig-debian邮件列表对于这样的问题是一个更明智的地方。

来源

2010-01-31 00:40:51

Dirk，我讨厌让它成为一个独立的问题......为什么有些软件包（例如RODBC）只能使用apt-get安装方法进行安装？ – 2010-02-01 19:00:22

哪里？怎么样？什么时候？什么平台？随意给r-sig-debian发电子邮件，那是我们所拥有的（尽管fanboy-ism尽管如此）。 – 2010-02-01 19:21:01

你是不是错过了odbc开发包等？那么，为什么我们会开始提供这些。 RODBC实际上是我打包的第一批产品之一... – 2010-02-01 19:21:59

我会考虑使用apt-get最好的做法，因为你会得到通过标准的系统工具自动更新。
安装了2个版本可能会让你陷入混乱的情况：根据你的R设置，你可以加载另一个软件包版本，然后你期望 - 你的私有应用（可能是过时的）应该首先加载。
见上。

来源

2010-01-31 00:25:17

或者看看Dirk对于整个故事的回答 – 2010-01-31 01:16:35

R：apt-get install r-cran-foo与install.packages（“foo”）

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