与errorbars分组barplot在GGPLOT2

简介：与errorbars分组barplot在GGPLOT2

我遇到的麻烦在分组barplot绘制一些errorbars。

我试图适应最初用于我用来做如下图未分组barplot一些代码：

问题：

现在我试图为每个地点绘制多种空气污染物。

我正在融化两个独立的数据框（一个是平均值，一个是置信区间），然后将它们连接在一起。我已经成功制作了一个分组的barplot，但是这个错误栏看起来很疯狂！

我该如何正确映射我的错误条，才能模仿上面未分组的barplot？

重复的例子：

见我下面整个数据出处：

## mean values generated from raw data for each pollutant by site: 
df.mean <- structure(list(id = structure(1:5, .Label = c("A", "B", "C", "D", "E"), class = "factor"), co_mean = c(0.00965315315315315, 0.201591548253404, 0.180300223214286, 0.14681828358209, 0.136609422703303), no_mean = c(2.09379071379071, 7.17386693309651, 5.11211979166667, 7.070375, 8.84492922564529), no2_mean = c(2.90698198198198, 15.3616940497336, 14.4540014880952, 17.8782126865672, 9.94047529836248), o3_mean = c(0.848970893970894, 19.6143709295441, 18.0919508928571, 19.1743544776119, 23.300829170136)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), .Names = c("id", "co_mean", "no_mean", "no2_mean", "o3_mean"), row.names = c(NA, -5L)) 

## confidence intervals generated from raw data for each pollutant by site: 
df.ci <- structure(list(id = structure(1:5, .Label = c("A", "B", "C", "D", "E"), class = "factor"), co_ci = c(0.00247560132518893, 0.00347796717254879, 0.00376771895817099, 0.025603853701267, 0.00232362415184514), no_ci = c(0.955602056071903, 0.179936357209358, 0.166243603959864, 0.413094097187208, 0.20475667069271), no2_ci = c(0.975169763947207, 0.251717055459865, 0.230073674418165, 0.479358833879918, 0.148588790912564), o3_ci = c(0.22710620006376, 0.283390020715785, 0.279702181925963, 0.754017640698111, 0.376479324970397)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), .Names = c("id", "co_ci", "no_ci", "no2_ci", "o3_ci"), row.names = c(NA, -5L)) 

## convert each df to long-format: 
df.mean.long <- melt(df.mean) 
df.ci.long <- melt(df.ci) 

## join two long dfs back together for plotting: 
df.long.join <- full_join(df.mean.long, df.ci.long, by="id") 

## generate confidence intervals relative to each mean: 
limits <- aes(ymax = value.x + value.y, ymin = value.x-value.y) ## this is likely the problem! 

## create our barplot: 
barplot <- ggplot(df.long.join, aes(x=id, y=value.x, fill = variable.x)) + 
    geom_bar(position="dodge", stat="identity") + 
    geom_errorbar(limits, position = "dodge", width = 0.25) 

barplot

预先感谢您！

来源

2017-08-29 spacedSparking

大概从https://stackoverflow.com/questions/29768219/grouped-barplot-in-r-with-error-bars – Marcelo

您的连接正在添加额外的行，因此会增加额外的错误栏，因为每个数据框中的每个级别id都有四个匹配的副本。误差条也不会与条形图相同的量。

下面的代码对数据进行整形以获得所需的连接，并且还使用刻面来避免对图例的需要。您可以切换x变量和faceting变量，具体取决于您要突出显示哪些比较。

要塑造数据，目标是加入id和pollutant，所以我们需要以长格式获取每个数据帧并在每个数据框中获取常见的污染物名称。

我们首先使用gather（一个tidyr功能实质上是melt从reshape2包等效）把df.mean长格式。 separate是否给我们一个只有污染物缩写的专栏，没有附加_mean。然后我们摆脱用separate创建的不需要的mean列（尽管我们不必这样做）。

现在我们做同样的事情到df.ci，但我们也改变了value列ci的名称，以便它会从我们df.mean创建的value列不同。

left_join将两个重新整形的数据帧组合成一个数据帧，准备绘图。

library(tidyverse) 

df.mean %>% 
    gather(key, value, -id) %>% 
    separate(key, c("pollutant", "mean")) %>% 
    select(-mean) %>% 
    left_join(df.ci %>% 
       gather(key, value, -id) %>% 
       separate(key, c("pollutant", "ci")) %>% 
       select(id, pollutant, ci=value)) %>% 
    ggplot(aes(x=pollutant, y=value, fill = pollutant)) + 
    geom_bar(position=position_dodge(0.95), stat="identity") + 
    geom_errorbar(aes(ymax=value + ci, ymin=value-ci), position = position_dodge(0.95), width = 0.25) + 
    facet_grid(. ~ id) + 
    guides(fill=FALSE)

来源

2017-08-29 22:42:41 eipi10

一个DUP谢谢！一旦你指出，我的错误是非常明显的。但是，解决方案不是。我还没有使用全面的，但这是一个严肃的动机开始！ – spacedSparking

我已经添加了一些关于代码的更多解释。 – eipi10

这是莫名其妙的帮助。感谢您的跟进！ – spacedSparking

与errorbars分组barplot在GGPLOT2

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