基于ggplot百分位数的颜色代码点

我有一些非常大的文件，其中包含基因组位置（位置）和相应的群体遗传统计（值）。我已成功绘制了这些值，并且希望为顶部5％（蓝色）和1％（红色）的值进行颜色编码。我想知道如果有一个简单的方法R.做到这一点基于ggplot百分位数的颜色代码点

Fst Values

我已经探讨写作然而定义位数，函数，其中许多人最终被不唯一，从而导致功能失败。我也研究过stat_quantile，但只使用它来绘制标记95％和99％的一条线（并且一些线对角线对我没有任何意义），但只有成功。（对不起，我是新来的R.）

任何帮助将不胜感激。

这里是我的代码：（该文件非常大）

########Combine data from multiple files 
fst <- rbind(data.frame(key="a1-a3", position=a1.3$V2, value=a1.3$V3), data.frame(key="a1-a2", position=a1.2$V2, value=a1.2$V3), data.frame(key="a2-a3", position=a2.3$V2, value=a2.3$V3), data.frame(key="b1-b2", position=b1.2$V2, value=b1.2$V3), data.frame(key="c1-c2", position=c1.2$V2, value=c1.2$V3)) 


########the plot 
theme_set(theme_bw(base_size = 16)) 

p1 <- ggplot(fst, aes(x=position, y=value)) + 
    geom_point() + 
    facet_wrap(~key) + 
    ylab("Fst") + 
    xlab("Genomic Position (Mb)") + 
    scale_x_continuous(breaks=c(1e+06, 2e+06, 3e+06, 4e+06), labels=c("1", "2", "3", "4")) + 
    scale_y_continuous(limits=c(0,1)) + 
    theme(plot.background = element_blank(), 
    panel.background = element_blank(), 
    panel.border = element_blank(), 
    legend.position="none", 
    legend.title = element_blank() 
    ) 
p1

来源

2013-08-27 ONeillMB1

如果您提供数据，您会发现更快，更好的响应。显示你如何得到'fst'没有帮助，因为我们没有任何你的起始数据。你可以用'dput（）'发布你自己的一些数据，或者创建一个最小的虚拟集。 – alexwhan

接受问题答案并不好，然后决定在一个月后更改问题，不接受答案并修改您的问题 - 这完全违背了存档问答格式的目的。如果您有新问题，请发布新问题！最好的办法是扭转你的编辑，重新接受答案，并发布你的新问题。 – alexwhan

对不起alexwhan！我对这个问答格式不熟悉，并且认为如果它具有可接受的答案，就不会看到编辑。我没想过把它作为一个新问题发布。 – ONeillMB1

这就是我如何接近它 - 基本上创建一个因素来定义每个观察所在的组，然后将colour映射到该因子。

首先，一些数据可以使用！

dat <- data.frame(key = c("a1-a3", "a1-a2"), position = 1:100, value = rlnorm(200, 0, 1)) 
#Get quantiles 
quants <- quantile(dat$value, c(0.95, 0.99))

有很多得到一个因素来确定哪个组的每个观测落入，这里的方式是：

dat$quant <- with(dat, factor(ifelse(value < quants[1], 0, 
            ifelse(value < quants[2], 1, 2))))

所以quant现在显示的观测值是在95-99或99+组。绘图中点的颜色可以很容易地映射到quant。

ggplot(dat, aes(position, value)) + geom_point(aes(colour = quant)) + facet_wrap(~key) + 
    scale_colour_manual(values = c("black", "blue", "red"), 
         labels = c("0-95", "95-99", "99-100")) + theme_bw()

来源

2013-08-28 01:24:59 alexwhan

+1。我认为使用cut可以更有效一些：'transform（dat，quant = cut（value，quantile（value，c（0，.95，.99,1）），c（“0-95” 95-99“，”99-100“），TRUE））' –

谢谢alexwhan！这很好。现在，我想为颜色编码添加一个新的复杂程度（请参阅上面编辑的帖子），并且似乎无法获得正确的值。有任何想法吗？谢谢！ – ONeillMB1

我不确定如果这是你要搜索的内容，但也许它可以帮助：

# a little function which returns factors with three levels, normal, 95% and 99% 
qfun <- function(x, qant_1=0.95, qant_2=0.99){ 
    q <- sort(c(quantile(x, qant_1), quantile(x, qant_2))) 
    factor(cut(x, breaks = c(min(x), q[1], q[2], max(x)))) 
} 


df <- data.frame(samp=rnorm(1000)) 

ggplot(df, aes(x=1:1000, y=df$samp)) + geom_point(colour=qfun(df$samp))+ 
    xlab("")+ylab("")+ 
    theme(plot.background = element_blank(), 
     panel.background = element_blank(), 
     panel.border = element_blank(), 
     legend.position="none", 
     legend.title = element_blank())

为我得到了一个结果 enter image description here

来源

2013-08-27 21:49:56 holzben

你可以做到这一点稍微通过将quantile和cut到aes色彩表现优雅。例如col=cut(d,quantile(d))在这个例子：

d = as.vector(round(abs(10 * sapply(1:4, function(n)rnorm(20, mean=n, sd=.6))))) 

ggplot(data=NULL, aes(x=1:length(d), y=d, col=cut(d,quantile(d)))) + 
    geom_point(size=5) + scale_colour_manual(values=rainbow(5))

enter image description here

我也做了有益的工作流程pretty legend labels其中有人可能会觉得得心应手。

来源

2014-11-11 12:55:06 geotheory

基于ggplot百分位数的颜色代码点

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