Phyloseq和热图

Question

我从肺和嘴分析16S微生物数据，我基本上是自学R.所以我做了它通过qiime和使用已上传两个文件到R.我的OTU表：

otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom') 

和我的那种只包含SampleID，Location和Paired的“map”文件。例如：

SampleID Location Paired 
1_L  Lung  1 
1_M  Mouth  1 
2_L  Lung  2 
2_M  Mouth  2 

代码：

map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

我的数据是成对的，我想肺部比较VS使用热图的嘴。我一直对R有麻烦，首先它不会让我按位置来做。我已经试过：

plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType") 

而且我得到了这个错误：

Error in get_variable(physeq, sample.label) : 
Your phyloseq data object does not have a sample-data component 
Try ?sample_data for more details. 

我去?sample_data，我不知道我在这里失踪。

其次，我想按位置进行配对，如果有意义的话就配对。

任何人都可以帮助我解决这个问题，也许可以解释我在这里错过了什么，因为我也有数据，我在基线观察肺微生物群，然后在2个月后再观察数据。

谢谢你的帮助！

这里是我的全部代码：

library("phyloseq") 
packageVersion("phyloseq") 

otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom') 

map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

sampledata1=sample_data(map) 

otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1) 
plot_heatmap(otu2) 

此外，我不能确定如何使

Answer 1

这个问题的答案是经过精心致力于该主题的帮助页面上描述的phyloseq对象：

https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html

除非你的问题是关于某事的具体欠缺/是帮助页面上混乱，我认为这个链接回答这个问题。

作为一个评论者提到，如果你确实得到了具体的，有人更可能提供一个精确和有用的答案。