创建R中

切片树有谁知道是否有R中包装或简单的方法来创建下列形式的树结构：创建R中

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我不是在寻找一种方式来创建一个像上面那样好的情节。我最大的问题是找到一种方法来处理这样一棵树，在节点，树叶和子节点之间有明显的区别。例如，我希望能够通过调整字符串或矢量来切换两个叶子。所以我想这主要是一个'数据存储'问题。

我一直在寻找相当一段时间，并偶然发现了一个名为'Dendrogram'的软件包。这个包的问题是（据我所知）它不允许标记内部节点，如'H'和'V'。只有最后的叶子可以带有值或字符串。

我发现的另一个软件包是'rpart'，但我认为这些软件只对回归树有用。

如果有人知道的东西，我将非常感谢帮助！

2013-03-27 Arno

嗨我应该补充一点，因为你是新来的，你可能想阅读[** about **]（http://stackoverflow.com/about）和[** faq **]（http：/ /stackoverflow.com/faq）了解SO的工作原理。如果您收到解决问题的答案，您可以通过单击小号复选标记来接受它，所以StackOverflow对每个人都更有价值。你绝对没有义务这样做，但如果答案确实解决了你的问题，那么这是一种“回馈”网站的好方法。 – 2013-03-27 16:11:52

如果你有一个EdgeList都可以做一些非常呈三角与IGRAPH：

el <- matrix(c("H" , "V" , "H" , "V2" , "V" , "1" , "V" , "V3" , "V3" , "3" , "V3" , "4" , "V2" , "2" , "V2" , "H2") , ncol = 2 , byrow = TRUE) 
g <- graph.edgelist(el , directed = TRUE) 
V(g)$label <- get.vertex.attribute(g, 'name') 
plot(g,layout=layout.reingold.tilford)

您也可以命名您在el命令字母的节点，然后使用get.vertex.attribute(g, 'name')见得到的节点被称为什么，然后传递你喜欢的任何字符矢量来获得标签，因为它们在图片中。 enter image description here

来源

2013-03-27 13:52:44

你可以上传到网络并粘贴链接你得到？（我意识到你没有代表还没有包括图片）。尝试使用[imgur.com]（http://imgur.com/）。你有没有收到任何错误信息？你也可以将'sessionInfo（）'的输出粘贴到你的代码块中，然后我们可以试着找出它的不同之处。 – 2013-03-27 16:09:36

感谢您的快速回复，这看起来非常有前途！虽然我有一个问题。当我简单地复制上面提供的代码时，R会创建一个看起来完全不同的图。设置定向= FALSE属性提高了图形一点，但它仍然是一个很大的不同： http://s22.postimg.org/uwzzrggj5/Trees.png 按照IGRAPH网站莱因戈尔德蒂尔福德布局应该做的技巧，但由于某种原因，它不是以正确的方式从上到下创建图表。 – Arno 2013-03-27 16:14:14

SessionInfo（）给出以下输出： ř版本2.13.2（2011-09-30）平台：x86_64的-PC-的mingw32/64（64位）区域设置： [1] = LC_COLLATE Dutch_Netherlands.1252 LC_CTYPE = Dutch_荷兰1252 [3] LC_MONETARY = Dutch_荷兰1252 LC_NUMERIC = C [5] LC_TIME = Dutch_荷兰。1252个附基础包： [1]统计图形grDevices utils的数据集的方法基础其他附软件包： [1] igraph_0.6.5-1 – Arno 2013-03-27 16:15:21

是的，rpart可能不适合您的需要。试试phylobase包。

如果你的树可以从文件中读取，那么你可以使用某种类型的XML树解析器，如this。

来源

2013-03-27 14:01:33 Nishanth

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