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我有一个PDB文件,如下所示。我想要计算残留物的数量。第4栏是残留物名称,第6栏是残留物位置。计算pdb文件中的残基数
file1.pdb
ATOM 1 N ASN A 2 18.359 26.869 52.955 1.00 39.17 N
ATOM 2 CA ASN A 2 19.635 26.632 53.671 1.00 38.01 C
ATOM 5 N LEU A 3 20.916 28.708 54.068 1.00 32.39 N
ATOM 6 CA LEU A 3 21.304 29.943 54.753 1.00 28.83 C
ATOM 7 C LEU A 3 20.084 30.834 54.955 1.00 25.23 C
ATOM 13 N LYS A 4 19.824 31.394 56.099 1.00 23.92 N
ATOM 14 CA LYS A 4 18.654 32.292 56.333 1.00 21.94 C
ATOM 15 C LYS A 5 19.164 33.678 56.668 1.00 20.25 C
file2.pdb
ATOM 1 N ASN A 2 18.359 26.869 52.955 1.00 39.17 N
ATOM 2 CA ASN A 2 19.635 26.632 53.671 1.00 38.01 C
ATOM 5 N LEU A 3 20.916 28.708 54.068 1.00 32.39 N
ATOM 6 CA LEU A 3 21.304 29.943 54.753 1.00 28.83 C
ATOM 7 C LEU A 3 20.084 30.834 54.955 1.00 25.23 C
ATOM 13 N LYS A 4 19.824 31.394 56.099 1.00 23.92 N
ATOM 14 CA LYS A 4 18.654 32.292 56.333 1.00 21.94 C
ATOM 15 C LYS A 5 19.164 33.678 56.668 1.00 20.25 C
所需的输出
Total no:of ASN - 2
Total no:of LEU - 2
Total no:of LYS - 4
Total no:of residues - 8
非常感谢您的回答。代码运行良好,没有重复的文件。我还需要计算重复的文件。有没有任何选项来计算重复的文件? – user2374784 2013-05-13 01:01:12
对不起,我不明白这个问题。你说的是处理相同的输入文件吗?你能编辑你的问题并举个例子吗? – 2013-05-13 10:18:24
我编辑了我的问题。 – user2374784 2013-05-13 10:46:10