循环通过列glmer

我想通过循环遍历包含响应变量（dat_prob）的数据集中的列来运行glmer。我使用的代码如下，从另一个stackoverflow问题（Looping through columns in R）研究的代码改编而来。循环通过列glmer

其代码：

dat_y<-(dat[,c(2:1130)]) 
dat_x<-(dat[,c(1)]) 
models <- list() 
# 
for(i in names(dat_y)){ 
     y <- dat_y[i] 
    model[[i]] = lm(y~dat_x) 
    }

我的代码：

dat_prob<-(probs[,c(108:188)]) 
dat_age<-(probs[,c(12)]) 
dat_dist<-(probs[,c(20)]) 
fyearcap=(probs[,c(25)]) 
fstation=(probs[,c(22)]) 
fnetnum=(probs[,c(23)]) 
fdepth=(probs[,c(24)]) 

models <- list() 
# 
for(i in names(dat_prob)){ 
    y <- dat_prob[i] 
    y2=as.vector(y) 
    model[[i]] = glmer(y ~ dat_age * dat_dist + (1|fyearcap) + (1|fstation)+ 
    (1|fnetnum)+ (1|fdepth),family=binomial,REML=TRUE) 
}

我收到此错误，类似错误的超链接的问题的答复：

Error in model.frame.default(drop.unused.levels = TRUE, formula = y ~ : 
invalid type (list) for variable 'y'

我一直通过这个工作数小时，现在无法通过树木看到森林。

任何帮助表示赞赏。

来源

2017-02-20 hcg

你要放一切都在一个更好的data.frame并迭代它。或者，你可以预先构造公式（不需要对数据进行子集化）并将其传递给'glmer'函数。您可以使用'sapply'或'lapply'浏览公式列表。 –

y <- dat_prob[i]使得y列表（或数据框，无论）。列表是向量 - 尝试is.vector(list())，因此即使y2 = as.vector(y)仍然是列表/数据帧（即使您不使用它）。

class(as.vector(mtcars[1])) 
# [1] "data.frame"

要从数据帧中提取一个数字矢量，使用[[：y <- dat_prob[[i]]。

class(mtcars[[1]]) 
# [1] "numeric"

虽然我同意罗马 - 使用公式可能是一个更好的方式去。尝试是这样的：

for(i in names(dat_prob)) { 
    my_formula = as.formula(paste(i, 
    "~ dat_age * dat_dist + (1|fyearcap) + (1|fstation)+ (1|fnetnum)+ (1|fdepth)" 
)) 
    model[[i]] = glmer(my_formula, family = binomial, REML = TRUE) 
}

我也很怀疑无论你做什么尝试80个不同的反应变量的，但是这不是你的问题......

来源

2017-02-20 22:47:09 Gregor

循环通过列glmer

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