如何将多个输入传递给python中的管段？

我正在构建一个将原始文件处理成二进制文件的数据管道。文件很大，并且有多个步骤，所以尽可能避免写入磁盘是有利的。将一个子进程的输出很容易地作为另一个子进程的输入，但是如何处理需要多个输入文件的子进程呢？特别是：如何将多个输入传递给python中的管段？

我有两个进程操作两个文件，A和B，它们输出文件A'和B'。下一个命令使用以下shell语法

bwa sampe referencefile A' B' A B

需要五个文件。如果A'和B'写入磁盘，这可以通过shell=True轻松完成，但这是我想要避免的。我如何实现stdout - > stdin关系，避免写入磁盘，并保持正确的顺序？

来源

2013-07-12 user2577129

如果你对准配对末端读取使用BWA，你输入的共识FASTA两个索引文件，和两个FASTA文件，你的输出应该是一个.sam文件。为什么你不想要.sam文件？你想直接转换成.bam吗？你是否正在尝试从读取 - > .sam - > .bam - > sorted.bam而不写入磁盘？ – wflynny

编辑：所以你有两个进程索引你的fasta文件（A，B），产生A'，B'。然后您想要与BWA对齐以生成.sam文件。为什么你不想保存索引到文件？你总是可以将它们存储在'tempfile.NamedTemporaryFile's中，该脚本在脚本退出时被清除。你打算将.sam文件存储到磁盘吗？另外，为什么不使用'bwa mem ref.fa in1.fa in2.fa> aln-pe.sam'？它删除索引步骤，在内存中创建它们，这实际上就是你在做什么。您可能需要更新您的BWA。 – wflynny

非常感谢，我不知道tempfile和mem解决方法。我试了两次，他们的工作 – user2577129

'命名管道'：那个bash命令是否可以与python一起使用？

bwa sampe referencefile <(bwa aln ref fastq1) <(bwa aln ref fastq2) fastq1 fastq2

你也可以问biostars.org

来源

2013-07-13 00:29:18 Pierre

如何将多个输入传递给python中的管段？

回答

相关问题