我使用了GitHub的instructions for scrubbing a file from the commit history，但它从我的系统中删除了有问题的文件。这对我来说是令人惊讶的，因为git rm --cached命令本身应该保持文件本身不变。但是，该行为也可以在该页面上的工作示例中看到：尝试在大git filter-branch ...命令前后运行ls。从Git历史中删除文件而不删除文件
我使用的是Git 2.6.1。
如何从提交历史记录中删除文件，而不删除文件本身？很明显，我可以做一个备份（我在我的情况下），但这是一个解决方法，而不是一个解决方案。
当git-filter-branch完成时，它检出新的分支头。这会将您的工作目录更新为干净的状态。您希望从历史中删除的文件已被删除。预先备份是解决方案。
如果您忘记备份它，仍然可以将其还原！ Git需要很长时间才能完成，原来的提交仍然存在。在git-filter-branch之后，将会有一个名为original/refs/heads/master（如果您过滤了master）的分支，其中包含原始提交。你可以从那里恢复文件。
一般来说，您可以使用git reflog恢复过滤器和底座。这是每次登录HEAD时的日志（即，您签出或重新绑定或合并或过滤或...）。例如，在做GitHub的过滤器后，例如，git reflog是...
abaabaf (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD) [email protected]{0}: filter-branch: rewrite
8ef0c30 (refs/original/refs/remotes/origin/master, refs/original/refs/heads/master) [email protected]{1}: clone:
我可以使用8ef0c30或[email protected]{1}（即的HEAD以前的位置）或original/refs/remotes/origin/master或original/refs/heads/master要回，事情是前过滤器运行。
感谢您的彻底解答。这个问题需要在问题中提到的指南中加以说明。 – shadowtalker
（它需要说的。）
当使用git filter-branch你正在做历史根据你自己（也许越野车）规范在自动方式重写。因此，你应该在做这件事之前备份你的repo，，或者在你的repo的新独立克隆上执行操作。
git filter-branch应用指定的命令给每个适用的承诺。但是，它并没有检查你的工作副本中的这些提交。取而代之的是，默认情况下，它会将它们检出到.git-rewrite/或-d选项的目录中。 （参见git filter-branch文档，选项-d <目录>。）
具有重写的适用提交后，GIT中检出所得到的新的分支。由于这是从文件分支（该分支的预重写版本）切换到没有该文件的分支（该分支的重写版本），因此该文件也会从工作副本中删除。
那么，做一个备份。
（请注意，如果你重写所有部门和所有的标签，在例如在https://help.github.com/articles/remove-sensitive-data/做了标记或分支机构将不再是一个足够的备份。）
请参阅Schwern's answer。
进行备份是解决方案。 – Schwern
Git主要是一个Unix程序。在Unix中，您不会将每个令人担忧的情况都集成到您的可执行文件中。你（希望）小型单独程序合作实现你的目标。 – PSkocik