R中的cast（）调用的自定义聚合函数的错误reshape2

我想使用R将带有非唯一rownames的表中的数值数据汇总到具有唯一行名的结果表中，并使用自定义函数汇总值。汇总逻辑是：如果最大值与最小值的比值为< 1.5，则使用值的均值，否则使用中值。由于表格非常大，我正尝试使用reshape2包中的melt（）和cast（）函数。R中的cast（）调用的自定义聚合函数的错误reshape2

# example table with non-unique row-names 
tab <- data.frame(gene=rep(letters[1:3], each=3), s1=runif(9), s2=runif(9)) 
# melt 
tab.melt <- melt(tab, id=1) 
# function to summarize with logic: mean if max/min < 1.5, else median 
summarize <- function(x){ifelse(max(x)/min(x)<1.5, mean(x), median(x))} 
# cast with summarized values 
dcast(tab.melt, gene~variable, summarize)

上面的代码最后一行产生了错误通知。

Error in vapply(indices, fun, .default) : 
    values must be type 'logical', 
but FUN(X[[1]]) result is type 'double' 
In addition: Warning messages: 
1: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf 
2: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf

我在做什么错？请注意，如果汇总函数仅返回min（）或max（），则不会出现错误，尽管存在有关'没有非缺少参数'的警告消息。谢谢你的任何建议。

（实际的表我想使用的是200x10000一个。）

来源

2011-01-29 user594694

dcast（）试图设置默认值缺失组合的价值。

您可以通过填充参数指定这个，但如果填充= NULL，然后通过有趣（0-lenght矢量）返回的值（即汇总（数字（0））在这里）作为默认值。？

请参阅dcast

那么，这里是一个解决办法：

dcast(tab.melt, gene~variable, summarize, fill=NaN)

来源

2011-01-29 08:00:57 kohske

感谢您关注此问题并提供帮助。 – user594694 2011-01-30 08:14:19

简短的回答：为填充值如下 acast（tab.melt，基因〜变量，总结，填写= 0）

长答案：看来你的函数被包装如下，在传递给vagappregate函数之前vApply（dcast调用cast的调用混合调用vApply）：

fun <- function(i) { 
    if (length(i) == 0) 
     return(.default) 
    .fun(.value[i], ...) 
}

要找出.DEFAULT应该是什么，此代码被执行

if (is.null(.default)) { 
    .default <- .fun(.value[0]) 
}

即.value的被传递给函数[0]。当x是数字（0）时，min（x）或max（x）返回Inf或-Inf。但是，max（x）/ min（x）返回具有类逻辑的NaN。所以，当vapply执行

vapply(indices, fun, .default)

与默认值为是类逻辑（用来作为vapply模板），功能开始返回双打时失败。

来源

2011-01-29 08:02:04 skullkey

很好的解释！ – hadley 2011-01-29 14:25:14

R中的cast（）调用的自定义聚合函数的错误reshape2

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