我已使用specaccum()
命令为我的样品开发物种积累曲线。查找物种积累曲线达到渐近线的位置
下面是一些示例性数据:
site1<-c(0,8,9,7,0,0,0,8,0,7,8,0)
site2<-c(5,0,9,0,5,0,0,0,0,0,0,0)
site3<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,6,0,0)
site4<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
site5<-c(5,0,9,0,0,6,6,0,0,0,0,0)
site6<-c(5,0,9,0,0,0,6,6,0,0,0,0)
site7<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,7,0,0,3)
site8<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,1,0)
site9<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,1,0)
site10<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,1,6)
site11<-c(5,0,9,0,0,0,5,0,0,0,0,0)
site12<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
site13<-c(5,1,9,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
species_counts<-rbind(site1,site2,site3,site4,site5,site6,site7,site8,site9,site10,site11,site12,site13)
accum <- specaccum(species_counts, method="random", permutations=100)
plot(accum)
为了确保我已经充分采样,我需要确保物种累积曲线的曲线达到渐近线,定义为< 0.3之间的斜率最后两点(站点12和13之间的ei)。
results <- with(accum, data.frame(sites, richness, sd))
产生以下:
sites richness sd
1 1 3.46 0.9991916
2 2 4.94 1.6625403
3 3 5.94 1.7513054
4 4 7.05 1.6779918
5 5 8.03 1.6542263
6 6 8.74 1.6794660
7 7 9.32 1.5497149
8 8 9.92 1.3534841
9 9 10.51 1.0492422
10 10 11.00 0.8408750
11 11 11.35 0.7017295
12 12 11.67 0.4725816
13 13 12.00 0.0000000
我觉得我到达那里。我可以用站点对丰富度生成一个lm,并提取站点12和站点13之间的确切斜率(相切?)。在这里搜索更长的时间。
尝试查看是否可以先获取它,然后发布代码并提供帮助,这一点很重要。 – Vedda
你的*特定*问题是什么? – Barranka