如何在bash脚本中排序和使用多个文件？

我有多个文件对不同之处仅在一个数字：如何在bash脚本中排序和使用多个文件？

121_S11_L001_R1_001

121_S11_L001_R2_001

且相对于其它文件的另一个对，多个号码有所不同，但是相对于它的对，只是再次在一个编号：

120_S10_L001_R1_001

120_S10_L001_R2_001

我有一个bash脚本单独处理这些文件：

如果[-s $ INFILE] & & [！ -s $ infile.bwa];又在哪里“的infile”和“infile2”在命令行

不用手动输入每一对，我怎么递归选择和处理每对每个文件上指定的文件

echo "Creating BWA file..." 
time bwa aln $path"Genomeidx" $infile > $infile.bwa 
time bwa aln $path"Genomeidx" $infile2 > $infile2.bwa

？

来源

2013-02-20 Vince

不知道一对是什么。你能举一个你需要输入的例子吗？ – cnicutar 2013-02-20 04:44:24

除R1和R2以外，每个文件名相对于其对都是相同的。这些文件是成对的。我想像在bash脚本块中显示的那样一起处理它们，然后，另一个类似地处理它们。这就是你说'你需要输入'的意思吗？ – Vince 2013-02-20 04:50:34

我的意思是作为你的*的参考，而不是手动输入每一对*，并会喜欢一个例子，因为我不明白你之前发布的那些。 – cnicutar 2013-02-20 04:58:08

您可以使用bash globbing挑选所有_R1_样式文件，然后找到它的对。

像这样的事情可以适用于做你的处理：

#!/bin/bash 

for file in *_R1_*; do 
    pair=${file/_R1_/_R2_} 
    if [ -f "$pair" ]; then 
     echo "processing $file and its pair $pair" 
    fi 
done

来源

2013-02-20 04:53:34

这确实解决了配对问题，但我一直试图使它在所有配对文件上递归运行。任何人都知道如何做到这一点？ – Vince 2013-02-20 07:27:40

您的意思是脚本也应该下载到子目录中吗？ – 2013-02-20 09:38:11

如何在bash脚本中排序和使用多个文件？

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