2015-11-05 38 views
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我目前正在运行贝叶斯优化,用C++编写。我使用Ruben Martinez-Cantin的工具箱调用Bayesopt(http://rmcantin.bitbucket.org/html/)。我在做关于贝叶​​斯优化的论文(https://en.wikipedia.org/wiki/Bayesian_optimization)。由于函数调用永远不会运行,程序需要(很多)时间比它应该更长

我以前曾试用这个工具箱,本周我注意到代码运行速度比我记忆的要慢很多。值得一提的是,我确实编写了一些适用于该工具箱的代码。

我决定尝试了解为什么会发生这种情况,并且我看到代码运行得比应该慢得多。

要尝试了解它是我的代码的错误还是其他原因,我尝试了一个不使用我的代码的示例。

请看下面的例子:

#include <iostream> 
#include <bayesopt.hpp> 


class ExampleMichalewicz: public bayesopt::ContinuousModel 
{ 
public: 
    ExampleMichalewicz(bopt_params par); 

    double evaluateSample(const vectord& x); 
    bool checkReachability(const vectord &query) {return true;}; 

    void printOptimal(); 

private: 
    double mExp; 
}; 


ExampleMichalewicz::ExampleMichalewicz(bopt_params par): 
    ContinuousModel(10,par) 
{ 
    mExp = 10; 
} 

double ExampleMichalewicz::evaluateSample(const vectord& x) 
{ 
    size_t dim = x.size(); 
    double sum = 0.0; 

    for(size_t i = 0; i<dim; ++i) 
    { 
     double frac = x(i)*x(i)*(i+1); 
     frac /= M_PI; 
     sum += std::sin(x(i)) * std::pow(std::sin(frac),2*mExp); 
    } 
    return -sum; 
} 

void ExampleMichalewicz::printOptimal() 
{ 
    std::cout << "Solutions: " << std::endl; 
    std::cout << "f(x)=-1.8013 (n=2)"<< std::endl; 
    std::cout << "f(x)=-4.687658 (n=5)"<< std::endl; 
    std::cout << "f(x)=-9.66015 (n=10);" << std::endl; 
} 

int main(int nargs, char *args[]) 
{ 
    bopt_params par = initialize_parameters_to_default(); 
    par.n_iterations = 20; 
    par.n_init_samples = 30; 
    par.random_seed = 0; 
    par.verbose_level = 1; 
    par.noise = 1e-10; 
    par.kernel.name  = "kMaternARD5"; 
    par.crit_name   = "cBEI"; 
    par.crit_params[0] = 1; 
    par.crit_params[1] = 0.1; 
    par.n_crit_params = 2; 
    par.epsilon  = 0.0; 
    par.force_jump  = 0.000; 
    par.verbose_level = 1; 
    par.n_iter_relearn  =  1; // Number of samples before relearn kernel 
    par.init_method  =  1; // Sampling method for initial set 1-LHS, 2-Sobol (if available), 
    par.l_type    = L_MCMC; // Type of learning for the kernel params 


    ExampleMichalewicz michalewicz(par); 
    vectord result(10); 

    michalewicz.optimize(result); 
    std::cout << "Result: " << result << "->" 
     << michalewicz.evaluateSample(result) << std::endl; 
    michalewicz.printOptimal(); 

    return 0; 
} 

如果我单独编译这个例子中,运行时间约为23秒。

有了这个cmake的文件

PROJECT (myDemo) 

ADD_EXECUTABLE(myDemo ./main.cpp) 

find_package(Boost REQUIRED) 
if(Boost_FOUND) 
    include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS}) 
else(Boost_FOUND) 
    find_library(Boost boost PATHS /opt/local/lib) 
    include_directories(${Boost_LIBRARY_PATH}) 
endif() 

include_directories(${PROJECT_SOURCE_DIR}/include) 
include_directories("../bayesopt/include") 
include_directories("../bayesopt/utils") 

set(CMAKE_CXX_FLAGS " -Wall -std=c++11 -lpthread -Wno-unused-local-typedefs -DNDEBUG -DBOOST_UBLAS_NDEBUG") 

target_link_libraries(myDemo libbayesopt.a libnlopt.a) 

现在考虑同主要的例子,但在这里我另外三个文件添加到我的cmake的项目(不包括他们的main.cpp)。这三个文件是我所有代码的子部分。

PROJECT (myDemo) 

ADD_EXECUTABLE(myDemo ./iCubSimulator.cpp ./src/DatasetDist.cpp ./src/MeanModelDist.cpp ./src/TGPNode.cpp) 

find_package(Boost REQUIRED) 
if(Boost_FOUND) 
    include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS}) 
else(Boost_FOUND) 
    find_library(Boost boost PATHS /opt/local/lib) 
    include_directories(${Boost_LIBRARY_PATH}) 
endif() 

include_directories(${PROJECT_SOURCE_DIR}/include) 
include_directories("../bayesopt/include") 
include_directories("../bayesopt/utils") 

set(CMAKE_CXX_FLAGS " -Wall -std=c++11 -lpthread -Wno-unused-local-typedefs -DNDEBUG -DBOOST_UBLAS_NDEBUG") 

target_link_libraries(myDemo libbayesopt.a libnlopt.a) 

这次运行时间约为3分钟。这对我的工作至关重要,因为如果我增加par.n_iterations它往往会变得更糟。

我进一步得出的结论是,如果我在TGPNode.cpp

utils::cholesky_decompose(K,L); (NOTICE THAT THIS LINE IS NEVER CALLED). 

注释行,我得到23秒。该功能属于bayesopt工具箱中的文件:ublas_cholesky.hpp。

同样重要的是要注意,在工具箱代码中也调用了相同的函数。该行未被评论,并在michalewicz.optimize(result);期间运行。

有没有人有任何理念为什么发生这种情况?如果有人对这个主题有一些了解,这将是一个很大的帮助。

非常感谢。

请问,何塞诺盖拉

+1

您是否使用调试器('gdb')?你用所有的警告和调试信息('-Wall -Wextra -g')编译了('g ++')吗?通过优化('-O2 -march = native')?分析('-pg')然后'gprof'和/或'oprofile'? –

+0

此外,我怀疑其中一个文件有一些全局静态变量,其初始化需要一些时间。但这只是一个猜测。 –

+0

_“本周我注意到代码运行速度比我记得的慢很多”_ - 你能回到以前使用的版本吗? – sehe

回答

1

它不会返回。

它将无限递归(对堆栈溢出)。

下面的代码读取什么样子:

bopt_params initialize_parameters_to_default(void) 
{ 
    bayesopt::Parameters par; 
    return par.generate_bopt_params(); 

而且generate_bopt_params

bopt_params Parameters::generate_bopt_params(){ 
    bopt_params c_params = initialize_parameters_to_default(); 

它看起来像有人试图删除重复代码,而无需实际测试的东西。完全一样。您可以恢复第一个功能的注释掉的主体

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嗯。破坏这个版本的修订版是[2861d213e4 oct 28](https://bitbucket.org/rmcantin/bayesopt/commits/4561d213e4dd2b6aeb82dfd8153c46b59a421ba2)。因为你似乎有一个旧版本,所以看得更远。 – sehe

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