制作一个复杂的yaml从R

Question

我想从R制作yaml格式文件。我知道有这样的工作包，但它的例子是如此简单，我的对象有点棘手！

，所以我想提出类似下面的，但我不知道我应该如何塑造它为R对象（数据帧？！）：

tree: 
    format: newick 
    translate: ./My_example-1.translation 
    file: ./Xtol_example-1.tree 
tracks: 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.catdomain 

    rel_height: 0.6 
    title: Catalytic domain 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.kingdom 
    rel_height: 0.6 
    title: Itsname 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.temp 

Answer 1

我短的建议 - 不要用YAML与R.

（编者注：看来，这里记载，至今已修复的问题 - 见注释）。

1期

R中的yaml包似乎不可用，但真正的问题似乎与R有关。但是，再次，直到我看到这个问题时，我才对yaml感到困扰，所以可能在我对整个问题。

要成功创建有问题的yaml，在某些时候，我们必须有一个不是列表的向量列表（跟踪）。我认为在R中没有办法做到这一点。只要我们将元素添加到列表的向量中，向量就会变成列表。我猜矢量只能采用固定大小的元素（因此简化了操作，因此性能良好，因此矢量化建议的数量非常丰富）。

对于像数字，整数等简单原子类型，我想R解释器已经知道它们的大小（这是固定的）。但是，如果元素是一个列表，那么这种奢侈就会丢失，并且向量被转换为一个列表，以便它可以处理元素（列表）的不同大小。

因此，存在不能列表的载体，其为不是列表，我们有严重的问题，将数据变换和从YAML在R.

问题2

将R YAML包记录不完整，我无法弄清楚它是如何解决这个问题的。我猜想它可能会用惯例来解决它。所以我试图做的是这个（并且这种方法也可以解决你的问题） - 将yaml作为R对象导入，然后尝试将该R对象转换为yaml。

library("yaml") 
z <- yaml.load(
"tree: 
    format: newick 
    translate: ./My_example-1.translation 
    file: ./Xtol_example-1.tree 
tracks: 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.catdomain 

    rel_height: 0.6 
    title: Catalytic domain 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.kingdom 
    rel_height: 0.6 
    title: Itsname 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.temp") 
names(z) 
names(z$tracks) 
y <- as.yaml(z) 

正如你所看到的，它不起作用。我想你可以通过不尝试与R使用yaml来节省很多痛苦。你可以考虑使用XML或类似的东西。

Answer 2

从CRAN：

http://cran.r-project.org/web/packages/yaml/index.html

我不确定你的原始数据是什么样子，但希望这可以让你开始。