SPARQL查询子类的首选名称及其顶级上层类

Question

我是SPARQL的新手。我希望获得首选的名字，以及他们的顶级上级，以及他们的同义词Radlex ontology, as hosted at BioPortal。

和输出我想看看： output

期限：等于密度 subClassOf：密度描述 同义词：isodens，同等密度，等密度

它看起来像，下面的代码解决了我的问题，但仍需要进行一些修改。因为，它带来了所有的上层阶级，但我只想要一个上层阶级。

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 

SELECT DISTINCT ?concept ?subClassOf 
WHERE 
{ GRAPH <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RADLEX_OWL> 
    { ?term a <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass> ; 
     <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name> ?concept 
    } 
    ?term rdfs:subClassOf ?upperClass. 
    ?upperClass <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name> ?subClassOf. 
} LIMIT 10 OFFSET 10 

Answer 1

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 
PREFIX radlex: <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwlDlComponent#> 

SELECT DISTINCT ?term ?name ?synonym ?subClassOf ?subClassOf_name 
FROM <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RID> 
WHERE 
{ 
?term radlex:Preferred_name ?name . 
?term radlex:Synonym ?synonym . 
?term rdfs:subClassOf ?subClassOf . 
?subClassOf radlex:Preferred_name ?subClassOf_name 
} LIMIT 10 

Answer 2

看起来你的主要困难之一是找到从哪里开始，或者如何指定Radlex子类的根。

我对Radlex没有经验，最近我还没有使用Bioportal。当我在Protege中打开Radlex本体时，它的类层次对我来说看起来很合理。但是来自Bioportal终点的结果令人惊讶。

例如，RID5635“硬币”是RID5633“个人物品”的一个子类，并且是radlex_metaclass的实例，但不猫头鹰的实例：类，同时我也会用OBO期待铸造本体。它看起来并不像所有来自radlex_metaclass的Radlex子类，这样就使得它棘手得到所有的子类有一个三重图案像

?s a owl:Class 

它也不会看起来像Bioportal端点支持RDFS属性的路径，所以我们也不能要求

?s a rdfs:subClassOf* <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID1> 

因此，我不能保证，这个查询将返回所有在Radlex子类的...只是所有radlex_metaclass立即子类的

最后，正如AKSW指出的那样，http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#是本体的名称，而不是超类。它没有子类，也不是我在本答案顶部描述的根本查找问题的解决方案。

我添加了一个命名的图形限制，但是这可能没有做任何事情，通过询问http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass实例尚未完成。

SELECT DISTINCT * 
WHERE 
    { GRAPH <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RADLEX_OWL> 
     { ?radlexclass a <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass> ; 
      <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name> ?prefName 
     } 
    } 

给出这样

+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ 
|        radlexclass        |        prefName        | 
+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID19012> | "posterior root of left first sacral nerve"       | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23593> | "nerve to third posterior cervical intertransversarius"    | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID11053> | "hydrophilic wire"             | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID5825> | "right"                | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID18947> | "posterior root of sixth cervical nerve"       | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID16116> | "set of short association fibers of telencephalon"     | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23701> | "left third thoracic nerve"           | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23274> | "ascending branch of meningeal branch of right second sacral nerve" | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID25244> | "right intermediomedial nucleus"         | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID5699> | "coalescent"              | 
+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ 

等