消除字典

“\ n”我有一本字典是这样的，在DNA是关键，质量值是值：消除字典

{'TTTGTTCTTTTTGTAATGGGGCCAGATGTCACTCATTCCACATGTAGTATCCAGATTGAAATGAAATGAGGTAGAACTGACCCAGGCTGGACAAGGAAGG\n': 
    'eeeecdddddaaa`]eceeeddY\\cQ]V[F\\\\TZT_b^[^]Z_Z]ac_ccd^\\dcbc\\TaYcbTTZSb]Y]X_bZ\\a^^\\S[T\\aaacccBBBBBBBBBB\n', 
'ACTTATATTATGTTGACACTCAAAAATTTCAGAATTTGGAGTATTTTGAATTTCAGATTTTCTGATTAGGGATGTACCTGTACTTTTTTTTTTTTTTTTT\n': 
    'dddddd\\cdddcdddcYdddd`d`dcd^dccdT`cddddddd^dddddddddd^ddadddadcd\\cda`Y`Y`b`````adcddd`ddd_dddadW`db_\n', 
'CTGCCAGCACGCTGTCACCTCTCAATAACAGTGAGTGTAATGGCCATACTCTTGATTTGGTTTTTGCCTTATGAATCAGTGGCTAAAAATATTATTTAAT\n': 
    'deeee`bbcddddad\\bbbbeee\\ecYZcc^dd^ddd\\\\`]``L`ccabaVJ`MZ^aaYMbbb__PYWY]RWNUUab`Y`BBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'}

我想编写一个函数，这样如果我查询的DNA序列，它返回该DNA序列的元组和相应的质量值

我写了下面的功能，但它给了我，说：list indices must be integers, not str

def query_sequence_id(self, dna_seq=''): 
    """Overrides the query_sequence_id so that it optionally returns both the sequence and the quality values. 
    If DNA sequence does not exist in the class, return a string error message""" 
    list_dna = [] 
    for t in self.__fastqdict.keys(): 
     list_dna.append(t.rstrip('\n')) 
    self.dna_seq = dna_seq 
    if self.dna_seq in list_dna: 
     return (self.dna_seq,self.__fastqdict.values()[self.dna_seq + "\n"]) 
    else: 
     return "This DNA sequence does not exist"

所以我想一个错误信息像如果我打印

query_sequence_id("TTTGTTCTTTTTGTAATGGGGCCAGATGTCACTCATTCCACATGTAGTATCCAGATTGAAATGAAATGAGGTAGAACTGACCCAGGCTGGACAAGGAAGG"),

我会得到

('TTTGTTCTTTTTGTAATGGGGCCAGATGTCACTCATTCCACATGTAGTATCCAGATTGAAATGAAATGAGGTAGAACTGACCCAGGCTGGACAAGGAAGG', 
'eeeecdddddaaa`]eceeeddY\\cQ]V[F\\\\TZT_b^[^]Z_Z]ac_ccd^\\dcbc\\TaYcbTTZSb]Y]X_bZ\\a^^\\S[T\\aaacccBBBBBBBBBB')

我想摆脱“\ n”表示键和值的，但我的代码失败。任何人都可以帮我修复我的代码？

来源

2014-02-12 neymar

为什么不去掉插入数据时不必要的换行符，然后根本就没有它们呢？ – mikebabcock

换行符不是你的问题，虽然它们很混乱。您正试图根据字符串为由dict.values()返回的view编制索引。这不仅不是你想要的，但它也摆脱了首先使用字典的全部目的。视图是可迭代的，而不是像字典那样的映射。只是仰望值在字典中，以正常的方式：

return (self.dna_seq, self.__fastqdict[self.dna_seq + "\n"])

至于新行，为什么不你建立在首位字典时只带他们出去？

来源

2014-02-12 22:41:30

谢谢。你的修改是完美的！ – neymar

要修改词典中，你可以做以下几点：

myNewDict = {} 
for var in myDict: 
    myNewDict[var.strip()] = myDict[var].strip()

来源

2014-02-12 22:43:39

你可以从你的字典的键和这样的数值去掉这些讨厌的换行符（假设你的字典存储在一个名为dna变量）：

dna = {k.rstrip(): v.rstrip() for k, v in dna.iteritems()}

来源

2014-02-12 23:20:06 martineau

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