如何将Unix的/ Sed's/Perl的音译（tr）应用于特定列？

我有程序输出看起来像这样（标签DELIM）：如何将Unix的/ Sed's/Perl的音译（tr）应用于特定列？

$ ./mycode somefile 
    0000000000000000000000000000000000  238671 
    0000000000000000000000000000000001  0 
    0000000000000000000000000000000002  0 
    0000000000000000000000000000000003  0 
    0000000000000000000000000000000010  0 
    0000000000000000000000000000000011  1548.81 
    0000000000000000000000000000000012  0 
    0000000000000000000000000000000013  937.306

我想要做的是对第一列仅：其中G与A，1 C，2代替0和3以T 。有没有一种方法可以直接从“mycode”管道输出管道输出。屈服这样的：

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  238671 
... 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT  937.306

来源

2009-10-08 neversaint

有人可以建议我们如何使用awk来做到这一点？我认为这会有用。 – Vijay 2009-10-09 05:12:56

它应该是可能的SED做到这一点，把这个文件（你可以做到这一点的命令行来，与-e，只是不要忘记那些分号，或使用每行分开-e）。（编辑：请记住，由于您的数据是制表符分隔的，因此它应该是第一个s中的制表符，而不是空格，//确保您的编辑器不会将其变为空格）

#!/usr/bin/sed -f 

h 
s/ .*$// 
y/0123/ACGT/ 
G 
s/\n[0-3]*//

，并使用

./mycode somefile | sed -f sedfile

或chmod 755 sedfile并做

./mycode somefile | sedfile

执行的步骤是：

拷贝缓冲器保持空间（代替来自先前行持有内容，如果有的话）
删除尾随的东西（从第一空间到行尾的）
音译
从保持空间追加内容
删除换行符（来自追加步骤）及其之后的所有数字（最多空格）

至少在我的数据上工作过。

编辑：
啊，你想要一个班轮...

GNU sed的

sed -e "h;s/ .*$//;y/0123/ACGT/;G;s/\n[0-3]*//"

或老派的sed（无分号）

sed -e h -e "s/ .*$//" -e "y/0123/ACGT/" -e G -e "s/\n[0-3]*//"

来源

2009-10-08 09:09:43 falstro

使用Perl：

 
C:\> ./mycode file | perl -lpe "($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_=qq{$x\t$y}" 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  238671 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC  0 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG  0 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT  0 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA  0 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC  1548.81 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACG  0 
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT  937.306

您可以在Bash中使用单引号：

 
$ ./mycode file | perl -lpe '($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_="$x\t$y"'

正如评论@ysth笔记，perl实际上提供的命令行选项-a和-F：

 
-a    autosplit mode with -n or -p (splits $_ into @F) 
... 
-F/pattern/  split() pattern for -a switch (//'s are optional)

使用这些：这个

 
perl -lawnF'\t' -e '$,="\t"; $F[0] =~ y/0123/ACGT/; print @F'

来源

2009-10-08 10:31:11

或-F：perl -lawnF'/ \ t /'-e'$，=“\ t”; $ F [0] =〜Y/0123/ACGT /; print @F' – ysth 2009-10-08 14:52:53

@ysth我总是忘记'-F'。 – 2009-10-08 14:56:48

@sarathi

\ AWK解决方案

awk '{gsub("0","A",$1);gsub("1","C",$1);gsub("2","G",$1);gsub("3","T",$1); print $1"\t"$2}' temp.txt

来源

2013-01-18 04:01:58 user2134226

如何将Unix的/ Sed's/Perl的音译（tr）应用于特定列？

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