使用tr ///运算符来计算字符串中的字母

我想要计算序列或字符串中A，C和G的数量。我写了下面的代码。使用tr ///运算符来计算字符串中的字母

但是，当我打印的值，只有A的打印。 C和G显示为零。在下面的代码中，我评估A的第一个，但是如果我通过评估C的第一个来切换顺序，我得到C的值，但是现在A和G被打印为零。

谁能告诉我我的代码有什么问题吗？谢谢！

#! /usr/bin/perl 

use strict; 
use warnings; 

open(IN, "200BP_junctions_fasta.faa") or die "Cannot open the file: $!\n"; 
while(<IN>) 
    next if $_ =~ /\>/; 
    my $a = ($_ = tr/A//); 
    my $c = ($_ = tr/C//); 
    my $g = ($_ = tr/G//); 
    print "A:$a, C:$c, G:$g\n"; 
}

文件如下所示：

> A_Seq 
ATGCTAGCTAGCTAGCTAGTC 
> B_Seq 
ATGCGATCGATCGATCGATAG

来源

2012-03-14 Jordan

更改$_ = tr/到$_ =~ tr/。此外，你错过了while的大括号。

来源

2012-03-14 19:57:26 N13

谢谢。这是一个菜鸟的错误。 – Jordan 2012-03-14 20:17:43

因为'5'没有任何'C' s或'G' s在里面。你是分配的翻译值$_到$_。如果你绑定（$_ =~ tr//）的操作到$_，你会得到你想要的结果。

但你真的不需要将绑定到上下文变量。绑定使您可以将正则表达式或转换操作应用于其他变量。你会更好的写作：

my $a = tr/A//; 
my $c = tr/C//; 
my $g = tr/G//;

但是你可以像这样做，太：

$_{$_}++ foreach m/[ACG]/g; 
say "A:$_{A}, C:$_{C}, G:$_{G}";

来源

2012-03-14 19:58:08 Axeman

open(IN, "input") or die "Cannot open the file: $!\n"; 
while(<IN>) { 
    next if $_ =~ /\>/; 
    my $a = @{[m/(A)/g]}; 
    my $c = @{[m/(C)/g]}; 
    my $g = @{[m/(D)/g]}; 
    print "A:$a, C:$c, G:$g\n"; 
}

来源

2012-03-14 20:08:21 perreal

，你需要结合运营商的答案，=~而不是分配operat0r ，=，或者您不需要绑定默认变量。

最近，我一直在使用printf为这些事情：

while(<DATA>) { 
    next if /\>/; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", tr/A//, tr/C//, tr/G//; 
    }

我常常希望的是tr///可以插值，所以我可以写这篇文章，它不起作用：

while(my $line = <DATA>) { 
    next if $line =~ /\>/; 
    print "Line is $_\n"; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { $line =~ tr/$_// } qw(A C G); 
    }

请注意，如果我在while中使用了默认变量，我将会碰到更多的烦恼$_。我知道我可以做一个eval，但是这不仅更加麻烦，但l4m3：

while(my $line = <DATA>) { 
    next if $line =~ /\>/; 
    print "Line is $_\n"; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { eval "\$line =~ tr/$_//" } qw(A C G); 
    }

我不应该知道的实施细则，虽然如此，我能够继续前进，为一个子程序，直到我能弄清楚如何摆脱eval，虽然额外的子程序调用可能大数据改写（munging）减缓：

while(my $line = <DATA>) { 
    next if $line =~ /\>/; 
    print "Line is $line\n"; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { count_bases($line, $_) } qw(A C G); 
    } 

sub count_bases { eval "\$_[0] =~ tr/$_[1]//" }

很可能有一些聪明的办法XOR字符串，如果你不喜欢tr///，但我从来没有花了很长时间才弄清楚（不是说它会比你已经做的更好）。

来源

2012-03-15 00:48:50

使用tr ///运算符来计算字符串中的字母

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