R：rJava包安装失败

Question

当使用install.packages("rJava")命令我碰到下面的错误安装rJava：

checking Java support in R... present: 
interpreter : '/usr/bin/java' 
archiver : '/usr/bin/jar' 
compiler : '/usr/bin/javac' 
header prep.: '/usr/bin/javah' 
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux' 
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm' 
checking whether JNI programs can be compiled... yes 
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this. 
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ 

我已经安装了Java JDK和java -version返回如下：

$ java -version 
java version "1.6.0_20" 
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02) 

谷歌搜索时我发现其他人遇到同样的问题，但除了“安装整个JDK，不仅仅是JRE”之外，我找不到解决方案。

我读的另一件事是运行sudo R CMD javareconf，它运行得非常愉快，没有错误。

任何想法我的问题是什么？

[[编辑]] 自从我有这个问题已经有几个月了。我最初通过编辑我的Java路径解决了这个问题，如下面发布的答案所示。我最近在新的Ubuntu安装中遇到了同样的问题。我尝试了Dirk的建议，使用apt-get来安装rJava软件包。它工作完美。我最初无法理解的是，使用Ubuntu apt-get方法安装软件包与使用R中的install.packages（）加载相同的软件包完全不同。Ubuntu软件包解决了一些我没有意识到或欣赏的问题。

Answer 1

原来我的问题是我的JAVA_HOME环境变量的问题。是的，我知道，令人震惊。我对PATH和JAVA_HOME初始设置是这样的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun 
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin 

我加入/jre所以现在看起来是这样的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre 
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin 

在Java中一切似乎都没有/jre做工精细，但rJava不会。奇。

Answer 2

岂不

apt-get install r-cran-rjava 

已经更容易？你可以问我useR！ :)

Answer 3

在AMD64上运行R下Gentoo。我升级至R 2.12.0

[R版本2.12.0（2010-10-15） 版权所有（C）2010将R基金会统计计算 ISBN 3-900051-07-0 平台：x86_64的-PC -linux-gnu（64位） 那些讨厌的消息就消失了。

一月的VanderMeer

Answer 4

感谢 - 您的建议对$JAVA_HOME导致我到一个类似的解决方案：

prompt$ unset JAVA_HOME 

调用R.

Answer 5

这为我工作在Ubuntu 12.04和R 3版之前。0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include 

这是一个具有jni.h

接下来，创建一个软链接到其他需要的头文件（我懒得找出如何以包括JAVA_CPPFLAGS多个目录的目录下面的选项）：

sudo ln -s linux/jni_md.h . 

最后

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include 

Answer 6

我做的是在这里：

1. /etc/apt/sources.list中添加：

   DEB http://ftp.de.debian.org/debian SID主要

注：rjava应该是最新版本

2执行命令 sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

一旦更新旧版本的rjava，则可以安装rhdfs_1.0.8。

Answer 7

我试图安装openjdk-7- *，但仍然遇到安装rJava的问题。在我重新启动计算机后发生故障，完全没有问题。

所以

sudo apt-get install openjdk-7-* 


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R 

Answer 8

我碰到了同样的问题，它下面运行命令后工作。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl" 
R CMD javareconf 

查看详情在 http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Answer 9

下面是我在另一篇文章的一个答案 - error: unable to load installed packages just now
（这也是有关这个问题）

对于Linux（Ubuntu的）用户：如果您已安装oracle-java (7/8)。它将在这个位置/usr/lib/jvm和sudo访问是必需的。

创建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf带有以下各项：

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64 
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server 

（取决于你的Java版本取代Java-8-甲骨文的Java 7甲骨文）

然后：

sudo ldconfig 

重新启动RStudio，然后安装rJava软件包。

Answer 10

我在Ubuntu 16.04上遇到了类似的问题，并且能够通过在/usr/lib/jvm中创建一个名为“default-java”的文件夹并将其复制到/usr/lib/jvm/java-8-oracle的所有内容来解决此问题。我选择了这个解决方案，因为纠正了JAVA_HOME环境变量是没用的。

Answer 11

我得到它的工作通过下载：https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz和运行指令R CMD安装rJava_0.9-8.tar.gz

Answer 12

的rJava包查找的/usr/lib/jvm/default-java/文件夹。但它作为默认不可用。该文件夹具有为系统配置的默认java的符号链接。

要激活默认的Java安装以下软件包：

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

测试在Ubuntu 17.04与CRAN [R 3.4.1

Answer 13

什么工作对我来说是从文件中更改JAVA_HOME /usr/lib/R/etc/javaconf

我首先检查了我的Java版本是什么：sudo update-alternatives --config java。 对我来说，这是java-8-oracle

我打开文件/usr/lib/R/etc/javaconf和java-8-oracle取代default-java：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle} 

然后sudo R CMD javareconf

我重新启动RStudio：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java} 

替换，然后可以安装rJava。