在不同的包中编译依赖的pyx文件

我在编译不同包中的cdef-ed类型时遇到了问题，我无法在cython文档中找到解释。在不同的包中编译依赖的pyx文件

我有此setup.py在我蟒SRC树的根：

from distutils.core import setup 
from distutils.extension import Extension 
from Cython.Distutils import build_ext 

setup(
    cmdclass = {'build_ext': build_ext}, 
    ext_modules = [ 
     Extension("flink.pytk.defs.FragIdx", 
     sources = ["flink/pytk/defs/FragIdx.pyx"]), 
     Extension("flink.pytk.fragments.STK_idx", 
     sources = ["flink/pytk/fragments/STK_idx.pyx"]) 
     ] 
)

FragIdx是CDEF-ED型，在定义弗林克/ pytk/DEFS/FragIdx.pyx：

cdef class FragIdx: 
    cdef public FragIdx parent 
    cdef public FragIdx root 
    cdef public tuple label 
    ...

而且STK_idx是FragIdx的延伸，在弗林克定义/ pytk /片段/ STK_idx.pyx：

from flink.pytk.defs.FragIdx import FragIdx 
cdef class STK_idx(FragIdx): 
    ...

当我试图编译USI纳克在文章开头列出的setup.py，FragIdx编译没事，但是当涉及到STK_idx我收到以下错误信息：

flink/pytk/fragments/STK_idx.pyx:5:5: 'FragIdx' is not a type name

请注意，我的源代码树的根目录列在$ PYTHONPATH中。

我真的很感激，如果任何人都可以摆脱这一点，非常感谢！

丹尼尔

来源

2011-03-05 masterpiga

哦，那么，对于那些有类似的问题，看起来也许我找到了答案。

我期待python自动扫描编译到共享库FragIdx.so中的符号，而不是像这样的信息必须显式提供为.pxd文件（在Cython运行后它变成C头文件）。

基本上有过程中涉及的两个步骤：

定义（.pxd）文件为超类的创作;
通过子类模块中的cimport（而不是import）导入超类定义。

所以，使它更通用。

假设您已经在模块pkg1.mod1中定义了您的cdef-ed类型A。那么你可以在pkg2.mod2中输入B这个类型，它的子类是A。

你的目录结构会是这个样子：

pkg1/ 
    mod1.pyx 
    mod1.pxd 
pkg2/ 
    mod2.pyx 
    mod2.pxd

在pkg1/mod1.pxd你会，说：

cdef class A: 
    cdef int a 
    cdef int b

而且在pkg1/mod1.pyx你会提供您的类的方法。在pkg2/mod2.pxd，你会：

from pkg1.mod1 cimport A #note "cimport"!! 
cdef class B(A): 
    cdef ... # your attributes here

再次，在pkg2/mod2.pyx你必须cimport再次符号：

from pkg1.mod1 cimport A #note "cimport"!! 
cdef class B(A): 
    ... # your methods here

有趣的是，如果你只是想在你的Python使用A代码，而不是使用它来定义子类型，不需要定义文件mod1.pxd。这与创建扩展类型时需要C编译器可用的定义相关，而运行Python代码时没有这个问题，但由于它不是非常直观，所以指出它可能很重要出。

该信息实际上在Cython docs中可用，但也许它可能会更加明确。

希望这些信息可以为别人节省一些。

来源

2011-03-05 19:40:25 masterpiga

在不同的包中编译依赖的pyx文件

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