对列表中的每个元素运行外部程序

Question

我试图调用外部程序（Openbabel）给分子列表（SMILES格式）中的每个元素（分子）。然而，我一直得到相同的错误：

/bin/sh: 1: Syntax error: "(" unexpected (expecting ")"). 

我的代码有什么问题？

from subprocess import call 

with open('test_zinc.smi') as f: 
    smiles = [(line.split())[0] for line in f] 

def call_obabel(smi): 
    for mol in smi: 
     call('(obabel %s -otxt -s %s -at %s -aa)' % ('fda_approved.fs', mol, '5'), shell=True) 

call_obabel(smiles) 

Answer 1

subprocess.call需要可迭代的命令和参数。如果您需要将命令行参数传递给进程，则它们属于可迭代的。也不建议使用shell=True，因为这可能会造成安全隐患。我会在下面省略它。

试试这个：

def call_obabel(smi): 
    for mol in smi: 
     cmd = ('obabel', 'fda_approved.fs', '-otxt', '-s', mol, '-at', '5', '-aa') 
     call(cmd)