推荐使用shell执行多个shell命令的方法（）

Question

在snakemake中，推荐使用shell（）函数执行多个命令的方式是什么？

Answer 1

您可以在规则的run块内调用shell()多次（规则可以指定run:而非shell:）：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    run: 
     shell("somecommand {input} > tempfile") 
     shell("othercommand tempfile {output}") 

否则，由于运行块接受Python代码，你可以建立一个列表命令字符串和遍历他们：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    run: 
     commands = [ 
      "somecommand {input} > tempfile", 
      "othercommand tempfile {output}" 
     ] 
     for c in commands: 
      shell(c) 

如果没有规则的执行过程中需要Python代码，你可以在中使用三引号字符串块，然后像在shell脚本中那样编写命令。这可以说是最可读纯壳规则：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    shell: 
     """ 
     somecommand {input} > tempfile 
     othercommand tempfile {output} 
     """ 

如果壳命令取决于成功/前面的命令的故障时，它们可以与通常的外壳脚本运营商如||和&&接合：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    shell: 
     "command_one && echo 'command_one worked' || echo 'command_one failed'"