2017-03-07 67 views
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我试图读取存储在HDF5存储中的表并将其作为Julia中的数据框读取。我发现一些文件,当涉及到使用HDF5包朱莉娅混乱的,我一直在想,如果有类似的大熊猫相当于:试图读取存储在Julia中的HDF5存储表作为数据框

table_data = pd.read_hdf('filepath', key='group') 

我的代码是这样的:

using HDF5 

file_input = "filepath/file.h5" 

fileop = "r" 

table_name = "group" 

h5_store = h5read(file_input, fileop) 

table_data = read(h5_store, table_name) 

close(h5_store) 

我一直在想,如果它的东西,我一直在做不正确的,并希望在此

回答

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使用h5open代替h5read任何指导,以解决您的代码:

h5_store = h5open(file_input, fileop) 

但是你可以使用h5read,默认情况下使用只读到HDF5文件访问:

using HDF5 

file_input = "filepath/file.h5" 

table_name = "table" 

table_data = h5read(file_input, table_name) 
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嘿再次感谢,但即使语法是正确的我得到的“不是一个错误信息但支持'。我可能应该注意到h5商店中的表格是pytables。在Julia的h5商店中存储兼容性问题是否存在兼容性问题? –

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如果pytable包含可变长度数据类型,将会出现错误。标记版本的HDF5.jl(0.7.3)检查HDF5Dataset中的字符串,如果它找到一个,它会抛出“Not yet supported”错误。 – slowbrain

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尝试结帐主版本'Pkg.checkout(“HDF5”)'并尝试... – slowbrain